输出体系的整个带电量:measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件:pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量:measure sumweights
pbc set {a b c alpha beta gamma} -all 复制代码 如果有少量原子跑到周期性边界条件盒子外，可以 ...
如图所示是pbc set {a b c} -all 的结果，但是由于cp2k模拟时质心发生了移动，所以周期性显示时，...
本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数 pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置…
(1)pbc set {40.6338 62.56 93.52} -all #创建一个盒子,该盒子的起始点坐标为(0,0,0),这里还有 -all:表示所有步都有box,不然只是当下这一步有box (2)pbc box #显示盒子 pbc box -center com 表示盒子的质心与所有原子的质心重合 (3)set all [atomselect top all] #全选所有盒子,设置该组为all ...
设置一下盒子大小,vmd命令行界面输入pbc set {a b c αβγ} -all ,然后pbc box 2024-09-11 回复喜欢 卜可知道 vaspkit 508后Python 3.6.8 (default, Apr 2 2020, 13:34:55) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)] on linuxType "help", "copyright", "credits" or "license" ...
pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性 pbc unwrap 显示晶胞边界 pbc box 体系总质量: measure sumweights $all weight mass 体系总电荷: measure sumweights $all weight charge 添加周期性水环境 package require solvate solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb ...
vmd > set cell [pbc set {31.0 15.64 15.64} -all] (注:上面的数值的单位为Angstrom.) vmd > pbc box -center origin -color black -width 1 vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) ...
问如何在VMD上绘制多个pbc盒子？EN在上一篇博客 【OpenGL】十、OpenGL 绘制点 ( 初始化 OpenGL 矩阵 |...
在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用`set cell`命令来定义盒子的尺寸,并使用`pbc box`命令来设置周期性边界条件。这些命令可以在VMD的控制台中输入或在脚本文件中编写。 三、加载乙醇分子到模拟盒子 将乙醇分子加载到模拟盒子中,通常需要将乙醇分子的结构文件加载到VMD中,并将其放置在...