pbc set cell {4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5....
pbc set cell {4.6274639999999998 8.0150009999999998 0.0000000000000000 -9.2549259999999993 5....
vmd > set cell [pbc set {31.0 15.64 15.64} -all] (注:上面的数值的单位为Angstrom.) vmd > pbc box -center origin -color black -width 1 vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) ...
# 建立立方盒子,并设定x、y、z长度setcell[pbcset{36.04899535.00713240.000}-all]# 显示盒子pbcbox-on# 改变盒子样式pbcbox-center origin-color black-width0.5pbcbox-color black-width0.5# 转换为周期性pbcwrap-all# 重新判断成键molbondsrecalc alltoporetypebonds ...
set ANP [atomselect top "all"] set ANP [atomselect top "index 0 to 91"] 对某一组原子进行移动: $Al moveby {-70 -70 -70} 合并分子0和分子1: ::TopoTools::mergemols {0 1} 设定盒子边界类命令: set cell [pbc set {10.0 10.0 10.0} -all] pbc box -center origin -color black -wid...
在使用VMD创建乙醇模拟盒子之前,需要准备乙醇分子的结构文件,如PSF或PDB格式。这些文件描述了乙醇分子的原子布局和连接关系。可以通过在线数据库或分子建模软件来获取乙醇分子文件。 二、设置模拟盒子 在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用set cell命令来定义盒子的尺寸,并使用pbc box命令来设置...
pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性 pbc unwrap 显示晶胞边界 pbc box 体系总质量: measure sumweights $all weight mass 体系总电荷: measure sumweights $all weight charge 添加周期性水环境 package require solvate solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb ...
在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用`set cell`命令来定义盒子的尺寸,并使用`pbc box`命令来设置周期性边界条件。这些命令可以在VMD的控制台中输入或在脚本文件中编写。 三、加载乙醇分子到模拟盒子 将乙醇分子加载到模拟盒子中,通常需要将乙醇分子的结构文件加载到VMD中,并将其放置在...
pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性 pbc unwrap 显示晶胞边界 pbc box 体系总质量: measure sumweights $all weight mass 体系总电荷: measure sumweights $all weight charge 添加周期性水环境 package require solvate solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb ...
vmd > set cell [pbc set {31.0 15.64 15.64} -all] (注:上面的数值的单位为Angstrom.) vmd > pbc box -center origin -color black -width 1 vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,...