VMD(2) 包括pbc box操作的功能,各个常见参数及使用举例。如生成周期性盒子,改变盒子中心的位置坐标,改变盒子的颜色,边线宽度,模拟盒子的大小等。, 视频播放量 3494、弹幕量 3、点赞数 49、投硬币枚数 24、收藏人数 101、转发人数 13, 视频作者 黃剛, 作者简介 穿越边界
我输入pbc box后刷屏 -error Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). ...
正在研究vmd命令行的操作，感谢lz的好贴！
给PDB文件设置周期边界条件: pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性 pbc unwrap 显示晶胞边界 pbc box 体系总质量: measure sumweights $all weight mass 体系总电荷: measure sumweights $all weight charge 添加周期性水环境 package require solvate solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq ...
VMD画球 | 1.调背景颜色(默认黑色,一般调成白色):Graphics-Colors-Display-Background-8white,即可完成2.展示盒子pbc box -color black -width 2 -style dashed。盒子类型见图33.画球。在命令窗口依次输入:draw color red;红色球draw material Opaque;不透明graphics top sphere {x y z} radius r resolution...
pbc unwrap 显示晶胞边界 pbc box 体系总质量: measure sumweights $all weight mass 体系总电荷: measure sumweights $all weight charge 添加周期性水环境 package require solvate solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb -t (override with any of the following) ...
我输入pbc box后刷屏 -error Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). ...
pbc box 复制代码 结果报错…… 说没有设置 pbc 参数 ERROR) Suspicious pbc side length (a=0....
pbc box 复制代码 结果报错…… 说没有设置 pbc 参数 ERROR) Suspicious pbc side length (a=0....
我输入pbc box后刷屏 -error Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). ...