本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置盒子颜色,粗细 pbc box -color black -width 2 # 将盒子移动到模拟体系 pbc wrap -all ...
如果有少量原子跑到周期性边界条件盒子外，可以 pbc wrap -all 将它们移回到盒子里。但是，我这个结构...
如果有少量原子跑到周期性边界条件盒子外，可以 pbc wrap -all 将它们移回到盒子里。但是，我这个结构...
(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: 图1. 选择在X轴方向重复出盒子。
(3)set all [atomselect top all] #全选所有盒子,设置该组为all (4)$all moveby {1.1287 0 0} #将所有原子往x方向移动1.1287,y和z移动0,移动多少根据自己体系的坐标的确定 (5)pbc wrap -all #将粒子折回盒子,考虑周期性(这一步很重要,考虑周期性必须要有)。 另外,如果是 pbc unwrap ---这是将此...
本文将向您介绍VMD PBCWrap的用法,一步一步地解释如何使用这个功能来处理周期边界条件下的原子坐标以及与周期性盒子相关的其他操作。 第一步:打开VMD 首先,您需要打开VMD软件。这可以通过在计算机上双击VMD的应用程序图标来完成,或者通过终端窗口中输入“vmd”命令来启动VMD。 第二步:导入分子结构文件 在VMD的主界面...
# 建立立方盒子,并设定x、y、z长度setcell[pbcset{36.04899535.00713240.000}-all]# 显示盒子pbcbox-on# 改变盒子样式pbcbox-center origin-color black-width0.5pbcbox-color black-width0.5# 转换为周期性pbcwrap-all# 重新判断成键molbondsrecalc alltoporetypebonds ...
本文将向您介绍VMD PBCWrap的用法,一步一步地解释如何使用这个功能来处理周期边界条件下的原子坐标以及与周期性盒子相关的其他操作。 第一步:打开VMD 首先,您需要打开VMD软件。这可以通过在计算机上双击VMD的应用程序图标来完成,或者通过终端窗口中输入“vmd”命令来启动VMD。 第二步:导入分子结构文件 在VMD的主界面...
pbc wrap –all【将粒子折回盒子内】 pbc wrap-shiftcenterrel {-0.5 -0.5 -0.5}我们希望wrap后坐标的中心在{0 0 0}处,然而,默认情况下,wrap的中心在{L/2 L/2 L/2}处,所以我们要将其平移回来! pbc box-center origin -style tubes -width 1 -color gray【设置盒子中心,线性,线宽, 颜色】 ...
(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: 图1. 选择在X轴方向重复出盒子。 3. 最终显示出的盒子边界,如图2...