本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置盒子颜色,粗细 pbc box -color black -width 2 # 将盒子移动到模拟体系 pbc wrap -all ...
如果有少量原子跑到周期性边界条件盒子外，可以 pbc wrap -all 将它们移回到盒子里。但是，我这个结构...
如果有少量原子跑到周期性边界条件盒子外，可以 pbc wrap -all 将它们移回到盒子里。但是，我这个结构...
(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: 图1. 选择在X轴方向重复出盒子。
(5)pbc wrap -all #将粒子折回盒子,考虑周期性(这一步很重要,考虑周期性必须要有)。 另外,如果是 pbc unwrap ---这是将此晶胞内原子去除周期性 3.统计氢键。(更多关于氢键的讨论看:https://www.cnblogs.com/sysu/p/17005442.html) 教程之Lammps输出轨迹用vmd后处理氢键:https://mp.weixin.qq.com/s/...
# 建立立方盒子,并设定x、y、z长度setcell[pbcset{36.04899535.00713240.000}-all]# 显示盒子pbcbox-on# 改变盒子样式pbcbox-center origin-color black-width0.5pbcbox-color black-width0.5# 转换为周期性pbcwrap-all# 重新判断成键molbondsrecalc alltoporetypebonds ...
pbc wrap –all【将粒子折回盒子内】 pbc wrap-shiftcenterrel {-0.5 -0.5 -0.5}我们希望wrap后坐标的中心在{0 0 0}处,然而,默认情况下,wrap的中心在{L/2 L/2 L/2}处,所以我们要将其平移回来! pbc box-center origin -style tubes -width 1 -color gray【设置盒子中心,线性,线宽, 颜色】 ...
pbc wrap -all -compound res # RMSD Calculation set outfile [open rmsd.dat w]#set nf [molinfo top get numframes]set frame0 [atomselect top "nucleic and noh" frame 0]set sel [atomselect top "nucleic and noh"]# RMSD Calculation Loop for {set i 1} {$i < $frames} {incr i} { $...
但我试了下,用VMD建模,直接生成psf文件与data文件,生成lammps轨迹文件后,先加载psf文件,再加载轨迹文件(可 ... 关于周期边界可以尝试: pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0 0 0} pbc box 记忆的拾荒者 想问一下 如果是用ms建完模型后 怎么用vmd 观察呢 猜...
(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: 图1. 选择在X轴方向重复出盒子。