本文将向您介绍VMD PBCWrap的用法,一步一步地解释如何使用这个功能来处理周期边界条件下的原子坐标以及与周期性盒子相关的其他操作。 第一步:打开VMD 首先,您需要打开VMD软件。这可以通过在计算机上双击VMD的应用程序图标来完成,或者通过终端窗口中输入“vmd”命令来启动VMD。 第二步:导入分子结构文件 在VMD的主界面...
本文将向您介绍VMD PBCWrap的用法,一步一步地解释如何使用这个功能来处理周期边界条件下的原子坐标以及与周期性盒子相关的其他操作。 第一步:打开VMD 首先,您需要打开VMD软件。这可以通过在计算机上双击VMD的应用程序图标来完成,或者通过终端窗口中输入“vmd”命令来启动VMD。 第二步:导入分子结构文件 在VMD的主界面...
本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置盒子颜色,粗细 pbc box -color black -width 2 # 将盒子移动到模拟体系 pbc wrap -all ...
pbc wrap -all 复制代码 其中 pbc set {a b c alpha beta gamma} -all 里的 a, b, c 分别...
如果有少量原子跑到周期性边界条件盒子外，可以 pbc wrap -all 将它们移回到盒子里。但是，我这个结构...
使用VMD的"PBC wrap"命令可以修复分子的显示,使它们在可视化界面中呈现连续的形状。 5.分析跨周期性边界的性质:VMD提供了一系列用于分析模拟系统中跨越周期性边界的性质的工具和命令。例如,"measure wrap"命令可以计算分子在周期性边界条件下的包装密度。 需要注意的是,VMD PBC功能的具体用法可能因用户需求的不同而...
(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: 图1. 选择在X轴方向重复出盒子。
# 建立立方盒子,并设定x、y、z长度setcell[pbcset{36.04899535.00713240.000}-all]# 显示盒子pbcbox-on# 改变盒子样式pbcbox-center origin-color black-width0.5pbcbox-color black-width0.5# 转换为周期性pbcwrap-all# 重新判断成键molbondsrecalc alltoporetypebonds ...
(5)pbc wrap -all #将粒子折回盒子,考虑周期性(这一步很重要,考虑周期性必须要有)。 另外,如果是 pbc unwrap ---这是将此晶胞内原子去除周期性 3.统计氢键。(更多关于氢键的讨论看:https://www.cnblogs.com/sysu/p/17005442.html) 教程之Lammps输出轨迹用vmd后处理氢键:https://mp.weixin.qq.com/s/...
(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: 图1. 选择在X轴方向重复出盒子。 3. 最终显示出的盒子边界,如图2...