VMD(2) 包括pbc box操作的功能,各个常见参数及使用举例。如生成周期性盒子,改变盒子中心的位置坐标,改变盒子的颜色,边线宽度,模拟盒子的大小等。, 视频播放量 3494、弹幕量 3、点赞数 49、投硬币枚数 24、收藏人数 101、转发人数 13, 视频作者 黃剛, 作者简介 穿越边界
vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: ...
本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置盒子颜色,粗细 pbc box -color black -width 2 # 将盒子移动到模拟体系 pbc wrap -all ...
以下是VMD PBC的一些常见用法: 1.载入模拟数据:使用VMD的命令行界面或者可视化界面,打开模拟数据文件。确保数据文件中包含周期性边界条件信息。 2.设置周期性边界条件:在VMD中,可以使用"PBC box"工具栏图标或者命令行命令,设置模拟系统的周期性边界条件。这些边界条件可以是三维的,也可以是二维的。 3.可视化周期性边...
问如何在VMD上绘制多个pbc盒子？EN在上一篇博客 【OpenGL】十、OpenGL 绘制点 ( 初始化 OpenGL 矩阵 |...
# 建立立方盒子,并设定x、y、z长度setcell[pbcset{36.04899535.00713240.000}-all]# 显示盒子pbcbox-on# 改变盒子样式pbcbox-center origin-color black-width0.5pbcbox-color black-width0.5# 转换为周期性pbcwrap-all# 重新判断成键molbondsrecalc alltoporetypebonds ...
在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用`set cell`命令来定义盒子的尺寸,并使用`pbc box`命令来设置周期性边界条件。这些命令可以在VMD的控制台中输入或在脚本文件中编写。 三、加载乙醇分子到模拟盒子 将乙醇分子加载到模拟盒子中,通常需要将乙醇分子的结构文件加载到VMD中,并将其放置在...
请教下各位老师，vmd中怎么让所有原子处在盒子的中央，我使用了这个命令后pbc box -center origin -...
2.找到vmd.rc文件,在文件中添加一行“source vmd_draw_unitcell.tcl”;3.设置盒子参数,如边长为60,60,60 则在命令窗口输入“molinfo top set { a b c} {60 60 60}”4.显示盒子:输入“pbc box -on”5.若盒子的中心在远点,则输入“pbc box -on -center origin” ...
在使用VMD创建乙醇模拟盒子之前,需要准备乙醇分子的结构文件,如PSF或PDB格式。这些文件描述了乙醇分子的原子布局和连接关系。可以通过在线数据库或分子建模软件来获取乙醇分子文件。 二、设置模拟盒子 在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用set cell命令来定义盒子的尺寸,并使用pbc box命令来设置...