本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置盒子颜色,粗细 pbc box -color black -width 2 # 将盒子移动到模拟体系 pbc wrap -all ...
vmd > set cell [pbc set {31.0 15.64 15.64} -all] (注:上面的数值的单位为Angstrom.) vmd > pbc box -center origin -color black -width 1 vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) ...
设置一下盒子大小,vmd命令行界面输入pbc set {a b c αβγ} -all ,然后pbc box 2024-09-11 回复喜欢 卜可知道 vaspkit 508后Python 3.6.8 (default, Apr 2 2020, 13:34:55) [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)] on linuxType "help", "copyright", "credits" or "license" ...
摘要:输出体系的整个带电量:measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件:pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量:measure sumweights阅读全文 posted @2019-05-05 22:35一棵开花的树sysu阅读(2933)评论(0)推荐(0)编辑 ...
VMD(2) 包括pbc box操作的功能,各个常见参数及使用举例。如生成周期性盒子,改变盒子中心的位置坐标,改变盒子的颜色,边线宽度,模拟盒子的大小等。, 视频播放量 3494、弹幕量 3、点赞数 49、投硬币枚数 24、收藏人数 101、转发人数 13, 视频作者 黃剛, 作者简介 穿越边界
在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用`set cell`命令来定义盒子的尺寸,并使用`pbc box`命令来设置周期性边界条件。这些命令可以在VMD的控制台中输入或在脚本文件中编写。 三、加载乙醇分子到模拟盒子 将乙醇分子加载到模拟盒子中,通常需要将乙醇分子的结构文件加载到VMD中,并将其放置在...
在使用VMD创建乙醇模拟盒子之前,需要准备乙醇分子的结构文件,如PSF或PDB格式。这些文件描述了乙醇分子的原子布局和连接关系。可以通过在线数据库或分子建模软件来获取乙醇分子文件。 二、设置模拟盒子 在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用set cell命令来定义盒子的尺寸,并使用pbc box命令来设置...
在require完pbctools后 我输入pbc set {10.0 10.0 10.0} -all后，一切正常，跳到下一命令输入行...
问如何在VMD上绘制多个pbc盒子？EN在上一篇博客 【OpenGL】十、OpenGL 绘制点 ( 初始化 OpenGL 矩阵 |...
(2)pbc box #显示盒子 pbc box -center com 表示盒子的质心与所有原子的质心重合 (3)set all [atomselect top all] #全选所有盒子,设置该组为all (4)$all moveby {1.1287 0 0} #将所有原子往x方向移动1.1287,y和z移动0,移动多少根据自己体系的坐标的确定 ...