以下是VMD PBC的一些常见用法: 1.载入模拟数据:使用VMD的命令行界面或者可视化界面,打开模拟数据文件。确保数据文件中包含周期性边界条件信息。 2.设置周期性边界条件:在VMD中,可以使用"PBC box"工具栏图标或者命令行命令,设置模拟系统的周期性边界条件。这些边界条件可以是三维的,也可以是二维的。 3.可视化周期性边...
而VMD PBC Wrap是VMD软件中的一个功能,用于处理周期边界条件下的原子坐标,以便正确显示分子在周期性盒子中的位置。 本文将向您介绍VMD PBCWrap的用法,一步一步地解释如何使用这个功能来处理周期边界条件下的原子坐标以及与周期性盒子相关的其他操作。 第一步:打开VMD 首先,您需要打开VMD软件。这可以通过在计算机上...
pbc box pbc wrap -all 复制代码 其中 pbc set {a b c alpha beta gamma} -all 里的 a, b,...
gromacs里面有个-pbc mol，是保持分子完整 vmd直接把轨迹unwrap all完全展开应该也行，不过好像对轨迹也有...
VMD(2) 包括pbc box操作的功能,各个常见参数及使用举例。如生成周期性盒子,改变盒子中心的位置坐标,改变盒子的颜色,边线宽度,模拟盒子的大小等。, 视频播放量 3494、弹幕量 3、点赞数 49、投硬币枚数 24、收藏人数 101、转发人数 13, 视频作者 黃剛, 作者简介 穿越边界
使用VMD的pbctools模块,solvate模块和autoionize模块对体系加水加离子生成建模完成的complex.pdb文件和complex.psf文件。 box_size=`python do.py merged.pdb` cat > pipline.tcl << EOF package require pbctools psfcontext reset mol load psf merged.psf pdb merged.pdb package require solvate solvate merged...
本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数 pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置…
问如何在VMD上绘制多个pbc盒子？EN在上一篇博客 【OpenGL】十、OpenGL 绘制点 ( 初始化 OpenGL 矩阵 |...
pbc unwrap 显示晶胞边界 pbc box 体系总质量: measure sumweights $all weight mass 体系总电荷: measure sumweights $all weight charge 添加周期性水环境 package require solvate solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb -t (override with any of the following) ...
(OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口,点开Representation菜单,程序会弹出Graphical Representations窗口。此时,选择Periodic 按钮,选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图: 图1. 选择在X轴方向重复出盒子。