在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 The way to display atoms of different elements in different colors in VMD program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Nov-11 Last update: 2022-Sep-16 1 前言 之前笔者写了大量的将Multiwfn与VMD相结合的文章,比如《使用IRI方法图形化考察化学体系...
The way to display atoms of different elements in different colors in VMD program 文/Sobereva@北京...
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答：在VMD的命令窗口中，输入“topo writelammpsdata XXX.data”命令，即可将当前模型导出为data文件，其中“XXX.data”是你想要保存的文件名。4、如何找到导出的data文件？答：在Windows64位操作系统上，若VMD安装在默认的C盘，且未更改安装路径，则导出的data文件通常位于C:\Program Files (x86)\University of Ill...
对于Windows用户,VMD默认安装在C:\Program Files(x86)\University of Illinois\VMD文件夹下。打开VMD。VMD打开后,会弹出三个窗口:VMD Main(主窗口),VMD Display(显示窗口),和命令窗口。 图4.14 VMD主窗口、显示窗口和命令窗口 打开一个蛋白质结构(图4.15):主窗口中点File\New Molecule,弹出新窗口Molecule File Bro...
On the determination and setting of the connection relationship in VMD visualization program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Feb-25 Last update: 2023-Dec-29 化学体系可视化程序VMD的用户越来越多,经常有人在网上问我怎么在VMD里修改键连关系,这里就专门说一下这个问题。本文内容对应于撰文时最新的...
首先这是我的VMD安装路径 D:\Program Files (x86)\VMD 最开始发现是source .tcl 脚本时，显示报错。...
"C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD\\tachyon_WIN32.exe" -aasamples 24 %s -format BMP -res 3840 2160 -mediumshade -trans_vmd -o %s.bmp -numthreads 4 这里提醒一下,那个线程数没事可以不要设置,在windows10上面测试,发现设置了不如没设置的渲染快,而且中途会卡主程序几秒。 有的...
VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a local or remote computer. ...
对于Windows用户,VMD 默认安装在 C :\Program Files(x86)\University of Illinois\VMD 文件夹下。打开 VMD。VMD打开后,会弹出三个窗口:VMD Main(主窗口),VMD Display(显示窗口),和命令窗口。 图4.14 VMD 主窗口、显示窗口和命令窗口 打开一个蛋白质结构(图4.15):主窗口中点 File\New Molecule,弹出新窗口Molecul...