pid="3fGebzIW">最近每一篇知乎,都有一段血泪史,比如 今天的vcftools。 在我迈入bioinformatics的第二个年头,才知道有vcftools这个神器,以前是真的蠢啊 idiot啊,处理vcf文件用awk、sed、grep等手动傻瓜处理,甚至试图带入R… 没把服务器整坏也真是幸运了,反正就是真的蠢啊!不得不说,生信的发展,真是让我开了...
为了减小计算压力,教程中的处理方式是只保留36个样本(正常数据中好像是有146个样本,解压出来的vcf文件有11G),并且删除了inde,只保留snp位点。但是原文中保留的36个个体的文本文件inds_to_keep.txt我现在找不到,需要自己重新构造一份需要保留的个体的样本名。处理方式是: ...
vcftools --vcf chr_4_imputed.vcf --chr chr4 --from-bp 25300000 --to-bp 25400000 --keep maize.csv --window-pi 1000 --out maize_1000.pi 3. R软件可视化该区域 zemaz = read.table(file='~/maize_hapmap/maize_1000.pi',header = T) dachucao = read.table(file='~/maize_hapmap/dach...
步入生物信息学的第二年，我初次接触vcftools这个利器，回想起过去处理vcf文件的艰辛，真是感慨万千。过去，处理vcf文件时，我只能依赖awk、sed、grep等手动操作，甚至尝试过使用R编程，结果服务器险些被我弄垮，那时候的我真是愚蠢至极，现在看来，生信领域的发展确实让我见识到了更多高效的工具。在一年...
Step-by-step approach in the analysis of Rainbow trout DNA from raw reads to population insights using fastqc, trimmomatic, bwa, vcftools, plink, and R. bashnorwayrgenomicsplinkusafisheriesncbibwavcftoolsfastqctrimmomatic UpdatedJul 11, 2022
如何使用plink将vcf文件转换为ped文件? 我正在尝试使用 plink 将 .vcf 文件转换为 .ped 文件。我在网上看了一些手册和帖子,但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。 我希望这里可能有一些专家,他们有使用plink将vcf转换为ped的经验。如果您能分享知识,我将不胜感激。此外,如果有另一种方式(非链接)这样做,请分...
Updated Feb 17, 2023 R Improve this page Add a description, image, and links to the vcftools topic page so that developers can more easily learn about it. Curate this topic Add this topic to your repo To associate your repository with the vcftools topic, visit your repo's landing...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1-...
前面两期我们学习了使用rehh包通过iHS和XP-EHH方法来检测群体内和群体间的选择信号,今天生信小白继续为大家讲解一下另一种检测群体间选择信号的方法—Fst。 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常用的就是Fst指数。Fst指数,由F统计量演变而来。F统计量(FIS,FIT,FST)主要有三种,Fst是针对一对等位基因...
为了能在R/plink用vcftools,把Linux、Python、docker、vcfR下载尝试一个遍数不清的安装问题,百分百盲区,淘宝花钱找人解决bug,最终阵亡在gwas2vcf安装。下周二就汇报结果,还卡在环境设置出不去。成年人的崩溃只在一瞬间。û收藏 转发 6 ñ赞 评论 o p 同时转发到我的微博 按热度 按时间 正在加载,请...