--recode表示输出筛选的内容,--recode-INFO-all保留所有的INFO fields的内容。default情况下,INFO fields不写,因为筛选会改变文件里的突变情况。染色体名字要注意,比如是chr1还是1,要写全。--out输出到特定的位置和特定的文件名 1 vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 -...
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz --max-missing --max...
vcftools --vcf raw.g5mac3dp3.recode.vcf --remove lowDP.indv --recode --recode-INFO-all --out raw.g5mac3dplm 然后该文章的原作者非常贴心的, 我们可以将变异限制为在高百分比的个体中,并通过基因型的平均深度进行过滤。 vcftools --vcf raw.g5mac3dplm.recode.vcf --max-missing 0.95 --maf 0...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--indv1--indv10> out.vcf AI代码助手复...
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz ...
vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing。 具体用法如下: 运行以下命令: vcftools--vcfsnp.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--max-missing1> snp....
–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1-...
去除sample01样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --remove-indv sample01 > out.vcf# 根据文本文件保留样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --keep sample_name.txt > out.vcf# sample_name.txt内容# sample01# sample...
vcftools --vcf filter_snp_indel.vcf --remove-filtered-all --recode --recode-INFO-all --stdout > pass_snp_indel.vcf # --remove-filtered-all,删除所有FILTER标志而不是PASS标志的位点, # --stdout,使文件可以重定向,如果里需要压缩文件这里就可以配合管道符使用 ...