usage:vcffilter[options]<vcf file>options:-f,--info-filterspecifies afilterto apply to the info fields of records,removes alleles whichdonot pass thefilter-g,--genotype-filterspecifies afilterto apply to the genotype fields of records-k,--keep-info usedinconjunction with'-g',keeps variant i...
–keep-only-indels –remove-indels即保留或去除SNP,留下INDEL。 根据VCF文件第七列FILTER进行过滤 –remove-filterer-allFILTER列除了PASS保留,其余都过滤 –keep-filtered,–remove-filtered保留或去除特定FILTER标签。可多次使用。 根据vcf第八列INFO进行过滤 –keep-INFO –remove-INFO根据INFO列的指定tag进行过滤 ...
根据INFO过滤 –keep-INFO –remove-INFO Includes or excludes all sites with a specific INFO flag. These options only filter on the presence of the flag and not its value. These options can be used multiple times to specify multiple INFO flags.自己理解下就好 根据ALLELE过滤 –maf MAF最小值过滤...
–keep-only-indels 只保留indel标记 –remove-indels 删除indel标记 根据flag过滤 –remove-filtered-all Removes all sites with a FILTER flag other than PASS. –keep-filtered –remove-filtered 根据INFO过滤 –keep-INFO<string> –remove-INFO<string> 根据ALLELE过滤 –maf <float> MAF最小值过滤 –max-...
–keep-INFO<string> –remove-INFO<string> 根据ALLELE过滤 –maf <float> MAF最小值过滤 –max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 ...
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1> out.vcf 如果样品较多,也可将样品保存到文件 id.txt 中,每行为一个样品ID,格式如下: 1 105 然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。 --keep<filename>保留样品 ...
--keep<filename>保留样品 --remove<filename>删除样品 代码如下: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--keepid.txt> out.vcf AI代码助手复制代码 以上是“vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助...
去除sample01样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --remove-indv sample01 > out.vcf# 根据文本文件保留样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --keep sample_name.txt > out.vcf# sample_name.txt内容# sample01# sample...
3. 对vcf文件进行划窗处理：使用--window-pi和--window-pi-step参数，用户可以对vcf文件进行滑窗处理，统计每个自定义大小窗口内的变异位点数量和多态性pi值。4. 去除和保留vcf中指定样本：通过--keep和--remove参数，用户可以选择保留或删除特定样本的变异信息。5. 计算vcf文件的snp缺失率：使用--...
vcftools --vcf snp_indel.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only # --remove-indels 移除indel位点信息,若想移除snp位点信息则用--keep-only-indels # --recode 这个参数和上面--freq的意思差不多,不能少,否则没有结果文件 ...