vcftools is a suite of functions for use on genetic variation data in the form of VCF and BCF files. The tools provided will be used mainly to summarize data, run calculations on data, filter out data, and convert data into other useful file formats. 一、安装 conda install -c bioconda v...
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz --max-missing --max...
Vcftools是一款用于处理VCF文件的工具,它提供了许多用于VCF文件分析和处理的命令和功能。以下是Vcftools的一些常用命令: 1.vcf-merge:用于合并多个VCF文件。可以同时处理多个VCF文件,并将它们合并成一个新的VCF文件。 2.vcf-subset:用于提取VCF文件中的特定样本或位点。通过指定样本名或位点范围,可以从VCF文件中提取感...
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。 有些奇怪的是需要到网页上查看他的使用参数,Linux上没有参数查看 参考:vcftools使用手册 基本参数 输入参数 –vcf 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF...
前面两期我们学习了使用rehh包通过iHS和XP-EHH方法来检测群体内和群体间的选择信号,今天生信小白继续为大家讲解一下另一种检测群体间选择信号的方法—Fst。 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常…
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools./examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...
vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出vcf文件中指定染色体上所有位点的等位基因频率 vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf ...
经过查阅资料发现vcftools在将vcf文件转为plink时会识别其中染色体信息,若不能识别则会出现将我们的的染色体信息丢弃。因此我们需要使用我们的染色体或则contig,scaffold作为染色体id,于是可以使用一下方法解决该问题。 1、利用bcftools创建chr-map映射文件 bcftools view -H sample.vcf|cut-f1|uniq|awk'{print $0"\t"...
–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，...
VCFtools 是一个用于处理变异体调用格式 (VCF) 文件的软件工具集。它可以帮助研究人员分析基因组变异,并提供了许多实用的功能,如计算平均测序深度。 2.计算平均测序深度的原理 平均测序深度是指在一个基因组区域中,所有测序读段的总深度与该区域总长度的比值。VCFtools 计算平均测序深度的原理是将所有测序读段的长度...