4. vcftools去除和保留vcf中指定样本 # 只保留sample01和sample02样本变异信息 vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all \ --stdout --indv sample01 --indv sample2 > out.vcf # 去除sample01样本变异信息 vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all \ --stdout --remove-...
vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出vcf文件中指定染色体上所有位点的等位基因频率 vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf # --freq,在结果文件中显示等位基因频率,该...
conda install -c bioconda vcftools 这条命令会从bioconda这个conda频道中下载并安装vcftools及其所有依赖项。 执行安装命令: 按回车键执行上述命令。conda将开始下载并安装vcftools。这个过程可能需要一些时间,具体取决于你的网络连接速度和计算机的性能。安装过程中,conda会显示下载的进度和安装的状态。 验证vcftools是否...
vcftools is a suite of functions for use on genetic variation data in the form of VCF and BCF files. The tools provided will be used mainly to summarize data, run calculations on data, filter out data, and convert data into other useful file formats. 一、安装 conda install -c bioconda v...
这篇文章主要为大家展示了“vcftools基本参数有哪些”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“vcftools基本参数有哪些”这篇文章吧。 vcftools使用 vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip ...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 tar -xzvf vcftools-0.1.16.tar.gz ...
VCFtools基础使用简介：安装：使用conda安装：VCFtools可以通过conda直接安装，这是一种简便快捷的安装方式。GitHub版本：GitHub平台提供了无需编译即可使用的VCFtools版本，这可以满足不同用户在不同环境下的需求。使用方法：参考官方文档：VCFtools的使用方法可以参考官方提供的详细说明文档，这将帮助用户更好地...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--indv1--indv10> out.vcf ...
vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing。 具体用法如下: 运行以下命令: vcftools --vcf snp.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --max-missing...