vcftools is a suite of functions for use on genetic variation data in the form of VCF and BCF files. The tools provided will be used mainly to summarize data, run calculations on data, filter out data, and convert data into other useful file formats. 一、安装 conda install -c bioconda v...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 tar -xzvf vcftools-0.1.16.tar.gz cd vcftools-0.1.16/ 然后编译: ....
vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出vcf文件中指定染色体上所有位点的等位基因频率 vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf # --freq,在结果文件中显示等位基因频率,该...
1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因型信息。 vcftools --vcf sample.raw.vcf --extract-FORMAT-info GT --out sample# 结果文件# sample.GT.FORMAT sample.GT.FORMAT 2. vcftools提取指定区域的变异信息 # 提取chr1 5M-10M区域的变异位点vcftools --vcf sample.snp.vcf\...
1、首先声明 vcftools 软件的安装需要 root 权限 。 2、下载vcftools软件安装包 :https://github.com/vcftools/vcftools/releases wget https://github.com/vcftools/vcftools/releases/download/v0.1.16/vcftools-0.1.16.tar.gz # 然后解压 ...
–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，...
» Ubuntu » 软件包 » oracular » vcftools » armhf » 文件清单 在oracular 发行版中 armhf 硬件架构下的 vcftools 软件包文件清单/usr/bin/fill-aa /usr/bin/fill-an-ac /usr/bin/fill-fs /usr/bin/fill-ref-md5 /usr/bin/vcf-annotate /usr/bin/vcf-compare /usr/bin/vcf-concat /...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 代码语言:javascript 复制 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip ...
在官网(https://vcftools.github.io/index.html)下载VCFtools安装包,下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html,该网页内界面如下所示,方框内为下载按钮。如果点击的是View On GitHub需要进入release中寻找最新版本(https://github.com/vcftools/vcftools/releases/tag/v0.1.16)。
首先，vcftools可以统计或输出vcf文件的基础信息。接着，我利用vcftools提取特定样本集。然后，它能帮助我筛选出只包含SNP，排除indel的数据。此外，我可以使用vcftools来筛选符合特定过滤条件的位点。需求四，我可以通过vcftools输出vcf.gz格式文件，而非传统的vcf文件。最后，vcftools还能进行其他功能，比如比较...