用conda安装python 用conda安装vcftools VCFtools安装和简单试用 日期:2022-1-21 1. 下载安装VCFtools 在官网(https://vcftools.github.io/index.html)下载VCFtools安装包,下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html,该网页内界面如下所示,方框内为下载按钮。如果点击的是View On GitHub需要进入release...
本篇主要关于vcftools的安装和文件的筛选,不涉及运算,运算在计算篇,目前还没写()。 vcftools安装 可以使用conda直接安装 condainstallvcftools 也有在github上有免编译版本 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git vcftools使用 官方介绍版本 https://vcftools.github.io/man_latest.html#AUTHORS 基本参数 ...
安装直接用conda install vcftools vcftools支持.vcf文件和其二进制格式文件.bcf,这些文件里面是经过筛选后的SNP位点信息或indel信息 SNP位点的vcf文件 官方文档: VCFtoolsvcftools.github.io/man_latest.html#AUTHORS 功能: vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到 2. 解压缩 代码语言:javascript 复制 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cd vcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装 代码语言:...
$ conda install-c bioconda vcftools 2. 基础用法 2.1 vcf文件加ID add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下 add id.pl是一个老师写的脚本,这里不好直接放上来,所以需要添加id的话,请大家再去查找其他的教程,这里只是我自己做个备份。 perl add_id.pl root.hic.vcf root.hic.id.vcf ...
本文主要介绍VCFtools基础使用，包括安装与文件筛选，不涉及运算内容，运算相关将在后续的计算篇中详细阐述。在安装VCFtools方面，可以使用conda直接执行命令进行安装，操作简便快捷。此外，GitHub平台还提供了无需编译即可使用的版本，满足不同环境的需求。关于VCFtools的使用方法，可参考官方提供的详细说明文档。为...
vcftools安装流程：利用conda环境进行直接安装是最简便的方式，只需在命令行输入相应命令即可。对于未进行编译的情况，可在GitHub上直接获取免编译版本，满足不同环境需求。使用与参数介绍：详细操作与参数说明在官方文档中能找到，vcftools.github.io/man_...提供了全面指导。基本参数包括但不限于：vcftools...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools./examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...
conda install mawk 小试牛刀 首先做一个过滤, 我们将只保留已那些变异,至少50%的个体成功被snp calling的位点,最低质量分数为30的位点,次要等位基因计数为3的位点。 vcftools --gzvcf raw.vcf.gz --max-missing 0.5 --mac 3 --minQ 30 --recode --recode-INFO-all --out raw.g5mac3 ...
from bcf_entry.h:10, from bcf_entry.cpp:9: bgzf.h:33:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory #include <zlib.h> 1. 2. 3. 4. 5. 6. 还是用conda安装吧: 2. conda安装 代码解读 conda install -c bioconda vcftools ...