至此安装完成,可以使用全路径软件~/bin/vcftools-0.1.16/bin/vcftools,或者将路径添加到系统PATH变量中(PATH=/home/cfc424/bin/miniconda3/bin:$PATH)。 3. 使用Conda安装 使用Conda可以快速安装VCFtools,使用mamba下载速度更快,可以通过search指定版本: mamba search vcftools mamba install vcftools=0.1.16 1. 2....
安装直接用conda install vcftools vcftools支持.vcf文件和其二进制格式文件.bcf,这些文件里面是经过筛选后的SNP位点信息或indel信息 SNP位点的vcf文件 官方文档: VCFtoolsvcftools.github.io/man_latest.html#AUTHORS 功能: vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出...
但是vcftools安装确实容易出现各种报错,所以建议用conda来安装: $ conda install-c bioconda vcftools 2. 基础用法 2.1 vcf文件加ID add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下 add id.pl是一个老师写的脚本,这里不好直接放上来,所以需要添加id的话,请大家再去查找其他的教程,这里只是我自己做个备份。 perl add_id.pl...
vcftools软件安装 conda install vcftools -y 1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因型信息。 vcftools --vcf sample.raw.vcf --extract-FORMAT-info GT --out sample# 结果文件# sample.GT.FORMAT sample.GT.FORMAT 2. vcftools提取指定区域的变异信息 # 提取chr1 5M-10M区...
一、安装 conda install -c bioconda vcftools 二、功能概览 常用功能如下,待具体用到时再做详细补充: Get basic file statistics Applying a filter Writing to a new VCF file Converting a VCF file to BCF Getting allele frequency Getting sequencing depth information ...
conda install -c bioconda vcftools #安装2 官网下载(https://vcftools.github.io/examples.html),下载最新版本, wget https://github.com/vcftools/vcftools 或者 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz ...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 代码语言:javascript 复制 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip ...
vcftools安装流程：利用conda环境进行直接安装是最简便的方式，只需在命令行输入相应命令即可。对于未进行编译的情况，可在GitHub上直接获取免编译版本，满足不同环境需求。使用与参数介绍：详细操作与参数说明在官方文档中能找到，vcftools.github.io/man_...提供了全面指导。基本参数包括但不限于：vcftools...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools./examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...
本文主要介绍VCFtools基础使用，包括安装与文件筛选，不涉及运算内容，运算相关将在后续的计算篇中详细阐述。在安装VCFtools方面，可以使用conda直接执行命令进行安装，操作简便快捷。此外，GitHub平台还提供了无需编译即可使用的版本，满足不同环境的需求。关于VCFtools的使用方法，可参考官方提供的详细说明文档。为...