vcftools使用2024-03-17 vcftools主要处理vcf/bcf文件,包括:过滤(filter) ;变异位点的基本统计;数据格式的转换;多个vcf文件的比较(compare files);集合运算等。 #安装 #傻瓜式安装 conda install -c bioconda vcftools #安装2 官网下载(https://vcftools.github.io/examples.html),下载最新版本, wget https://gith...
vcftools软件安装 conda install vcftools -y 1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因型信息。 vcftools --vcf sample.raw.vcf --extract-FORMAT-info GT --out sample# 结果文件# sample.GT.FORMAT sample.GT.FORMAT 2. vcftools提取指定区域的变异信息 # 提取chr1 5M-10M区...
首先,要安装anaconda或者miniconda,然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel tassel的按照方法,使用git将文件copy到本地,然后将里面的内容(可执行文件) copy到home下的bin文件中, 不用设置路径了。 git clone https://bitbucket.org/tas...
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tructure是与PCA.进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP.indel.SSR.相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture admixture *** ADMIXTURE Version 1.3.0 *** *** Copyright 2008-2015 *...
首先,要安装anaconda或者miniconda,然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel tassel的按照方法,使用git将文件copy到本地,然后将里面的内容(可执行文件) copy到home下的bin文...