至此安装完成,可以使用全路径软件~/bin/vcftools-0.1.16/bin/vcftools,或者将路径添加到系统PATH变量中(PATH=/home/cfc424/bin/miniconda3/bin:$PATH)。 3. 使用Conda安装 使用Conda可以快速安装VCFtools,使用mamba下载速度更快,可以通过search指定版本: mamba search vcftools mamba install vcftools=0.1.16 1. 2....
利用conda环境进行直接安装是最简便的方式，只需在命令行输入相应命令即可。对于未进行编译的情况，可在GitHub上直接获取免编译版本，满足不同环境需求。使用与参数介绍：详细操作与参数说明在官方文档中能找到，vcftools.github.io/man_...提供了全面指导。基本参数包括但不限于：vcftools命令行执行输入vcftoo...
安装直接用conda install vcftools vcftools支持.vcf文件和其二进制格式文件.bcf,这些文件里面是经过筛选后的SNP位点信息或indel信息 SNP位点的vcf文件 官方文档: VCFtoolsvcftools.github.io/man_latest.html#AUTHORS 功能: vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出...
conda install vcftools -y 1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因...
可以使用conda直接安装 condainstallvcftools 也有在github上有免编译版本 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git vcftools使用 官方介绍版本 https://vcftools.github.io/man_latest.html#AUTHORS 基本参数 vcftools[--vcf/gzvcf/bcfFILE][--outOUTPUTPREFIX][FILTERINGOPTIONS][OUTPUTOPTIONS]#参数说明#...
5,群体遗传参数计算(Fst,pi,Ts和Tv等) 6,vcftools其它常用功能介绍 这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到 2. 解压缩
一、安装 conda install -c bioconda vcftools 二、功能概览 常用功能如下,待具体用到时再做详细补充: Get basic file statistics Applying a filter Writing to a new VCF file Converting a VCF file to BCF Getting allele frequency Getting sequencing depth information ...
conda install mawk 小试牛刀 首先做一个过滤, 我们将只保留已那些变异,至少50%的个体成功被snp calling的位点,最低质量分数为30的位点,次要等位基因计数为3的位点。 vcftools --gzvcf raw.vcf.gz --max-missing 0.5 --mac 3 --minQ 30 --recode --recode-INFO-all --out raw.g5mac3 ...
在安装VCFtools方面，可以使用conda直接执行命令进行安装，操作简便快捷。此外，GitHub平台还提供了无需编译即可使用的版本，满足不同环境的需求。关于VCFtools的使用方法，可参考官方提供的详细说明文档。为了更深入地了解VCFtools的基本参数，可以查阅官方说明文档，学习如何设置与调整参数以满足特定需求。这将有助...