4. vcftools去除和保留vcf中指定样本 # 只保留sample01和sample02样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --indv sample01 --indv sample2 > out.vcf# 去除sample01样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --remove-indv sample...
vcftools --vcf snp_indel.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only # --remove-indels 移除indel位点信息,若想移除snp位点信息则用--keep-only-indels # --recode 这个参数和上面--freq的意思差不多,不能少,否则没有结果文件 # --recode-INFO-all,原vcf文件有一列为INFO,这里...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--indv1--indv10> out.vcf AI代码助手复...
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1> out.vcf 如果样品较多,也可将样品保存到文件 id.txt 中,每行为一个样品ID,格式如下: 1 105 然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。 --keep<filename>保留样品 --remove<filename>删除样品 代码如下: vcftools -...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1-...
–remove-filtered-geno-all, --remove-filtered-geno 保留/删除 FILTER FLAG的位点。 –minGQ 删除GQ值低于数值的位点 –minDP,–maxDP保留覆盖率min~max范围内的位点。 计算统计参数 输出变异位点的计算统计 –freq, --freq2输出每个等位基因位点的频率。
–remove-INFO Includes or excludes all sites with a specific INFO flag. These options only filter on the presence of the flag and not its value. These options can be used multiple times to specify multiple INFO flags.自己理解下就好
3. 对vcf文件进行划窗处理：使用--window-pi和--window-pi-step参数，用户可以对vcf文件进行滑窗处理，统计每个自定义大小窗口内的变异位点数量和多态性pi值。4. 去除和保留vcf中指定样本：通过--keep和--remove参数，用户可以选择保留或删除特定样本的变异信息。5. 计算vcf文件的snp缺失率：使用--...
如果你想从VCF文件中只提取SNP或InDel变异,可以使用--remove-indels或--keep-only-indels选项。例如,只保留SNP: bash vcftools --vcf in.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out snp_only.vcf 或者只保留InDel: bash vcftools --vcf in.vcf --keep-only-indels --recode --recode-INFO...
–remove-INFO<string> 根据ALLELE过滤 –maf <float> MAF最小值过滤 –max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 ...