vcftools --vcf filter_snp_indel.vcf --remove-filtered-all --recode --recode-INFO-all --stdout > pass_snp_indel.vcf # --remove-filtered-all,删除所有FILTER标志而不是PASS标志的位点, # --stdout,使文件可以重定向,如果里需要压缩文件这里就可以配合管道符使用 #如果这里不需要压缩可以这样写: vcftool...
–remove-filtered-geno-all 排除flag不为’.’和’PASS’的基因型 –remove-filtered-geno 排除flag为string的基因型 –minGQ 排除GQ低于这个参数的基因型 –minDP –maxDP Includes only genotypes greater than or equal to the “–minDP” value and less than or equal to the “–maxDP” value. This...
–remove-indv –keep<filename></filename> –remove<filename></filename> –max-indv 基因型过滤参数 –remove-filtered-geno-all 排除flag不为’.’和’PASS’的基因型 –remove-filtered-geno <string>排除flag为string的基因型</string> –minGQ <float>排除GQ低于这个参数的基因型</float> –minDP<...
vcftools--gzvcf input_file.vcf.gz --remove-filtered-all --recode --stdout | gzip -c > output_PASS_only.vcf.gz 其他需求比较两个vcf文件、TajimaD、pi(π)、Fst(看着很有趣,但我没用过,感觉目前用不到) ##比较两个vcf文件 vcftools --vcf snp_indel.vcf --diff snp_indel_2.vcf --diff-sit...
vcftools--gzvcf input_file.vcf.gz --remove-filtered-all --recode --stdout | gzip -c > output_PASS_only.vcf.gz Output a Hardy-Weinberg p-value for every site in the bcf file that does not have any missing genotypes vcftools--bcf input_file.bcf --hardy --max-missing 1.0 --out outp...
具体如下：nohup vcftools --gzvcf rice.raw.vcf.gz --recode --recode-INFO-all \ ...
–remove-indels即保留或去除SNP,留下INDEL。 根据VCF文件第七列FILTER进行过滤 –remove-filterer-allFILTER列除了PASS保留,其余都过滤 –keep-filtered,–remove-filtered保留或去除特定FILTER标签。可多次使用。 根据vcf第八列INFO进行过滤 –keep-INFO –remove-INFO根据INFO列的指定tag进行过滤 ...
该选项表示将原来vcf文件中所有INFO信息保留下来。--recode-INFO<string>比如--recode-INFOAC表示只将AC保留--keep-only-indels和--remove-indels作用相反 根据vcf文件的FILTER列来过滤 --remove-filtered-all 过滤掉FILTER列不是“PASS”的记录,这一步grep也能做。
vcftools --vcf rename_rs_samples_filtered.vcf --remove skip_samples.tsv --recode --out new.vcf skip_samples.tsv为一行一个样本 4.提取某个区间的信息 vcftools --gzvcf /bioinfo/data/1000G/rawData/20130502/20130502.v5a/ALL.chrMT.phase3_callmom.20130502.genotypes.vcf.gz --indv NA18603 --...
#–remove-filterer-allFILTER列除了PASS保留,其余都过滤 #对样品个体进行过滤 #–indv, --remove-indv保留或删除指定样本 #–keep FILE,–remove 保留/删除多个体的文件 #基因型过滤 #–remove-filtered-geno-all, --remove-filtered-geno 保留/删除 FILTER FLAG的位点。 #–minGQ 删除GQ值低于数值的位点 #...