# --remove-filtered-all,删除所有FILTER标志而不是PASS标志的位点, # --stdout,使文件可以重定向,如果里需要压缩文件这里就可以配合管道符使用 #如果这里不需要压缩可以这样写: vcftools --vcf filter_snp_indel.vcf --remove-filtered-all --recode --recode-INFO-all --out pass_snp_indel 进行了过滤标记的...
–remove-filtered-geno-all 排除flag不为’.’和’PASS’的基因型 –remove-filtered-geno 排除flag为string的基因型 –minGQ 排除GQ低于这个参数的基因型 –minDP –maxDP Includes only genotypes greater than or equal to the “–minDP” value and less than or equal to the “–maxDP” value. This...
--recode-INFO<string>比如--recode-INFOAC表示只将AC保留--keep-only-indels和--remove-indels作用相反 根据vcf文件的FILTER列来过滤 --remove-filtered-all 过滤掉FILTER列不是“PASS”的记录,这一步grep也能做。 vcftools--vcf combined3000_head3k.vcf--remove-filtered-all--recode--outSNPs_filter --max-...
--remove-indels即保留或去除SNP,留下INDEL。 根据VCF文件第七列FILTER进行过滤 --remove-filterer-allFILTER列除了PASS保留,其余都过滤 --keep-filtered,--remove-filtered保留或去除特定FILTER标签。可多次使用。 根据vcf第八列INFO进行过滤 --keep-INFO --remove-INFO根据INFO列的指定tag进行过滤 根据ALLEL进行过滤...
vcftools--gzvcf input_file.vcf.gz --remove-filtered-all --recode --stdout | gzip -c > output_PASS_only.vcf.gz 其他需求比较两个vcf文件、TajimaD、pi(π)、Fst(看着很有趣,但我没用过,感觉目前用不到) ##比较两个vcf文件 vcftools --vcf snp_indel.vcf --diff snp_indel_2.vcf --diff-sit...
–remove<filename></filename> –max-indv 基因型过滤参数 –remove-filtered-geno-all 排除flag不为’.’和’PASS’的基因型 –remove-filtered-geno <string>排除flag为string的基因型</string> –minGQ <float>排除GQ低于这个参数的基因型</float> ...
–remove<filename></filename> –max-indv 基因型过滤参数 –remove-filtered-geno-all 排除flag不为’.’和’PASS’的基因型 –remove-filtered-geno <string>排除flag为string的基因型</string> –minGQ <float>排除GQ低于这个参数的基因型</float> ...
vcftools--gzvcf input_file.vcf.gz --remove-filtered-all --recode --stdout | gzip -c > output_PASS_only.vcf.gz Output a Hardy-Weinberg p-value for every site in the bcf file that does not have any missing genotypes vcftools--bcf input_file.bcf --hardy --max-missing 1.0 --out outp...
Removes all sites with a FILTER flag other than PASS. --keep-filtered --remove-filtered Includes or excludes all sites marked with a specific FILTER flag. These options may be used more than once to specify multiple FILTER flags. INFO FIELD FILTERING ...
2 --max-alleles 2 \ --remove-indels 2>vcftools.log| gzip - >myresult/nohup1.vcf.gz & ...