vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1--...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--indv1--indv10> out.vcf AI代码助手复...
--indv 'Samplename' ###只保留一个样本 --indv 'Samplename1' --indv 'Samplename1' ###只保留两个样本 --remove-indv 'Samplename' ###只删除一个样本 第二个需求,只提取其中的SNP,剔除indel --remove-indels ##若想移除snp位点信息则用--keep-only-indels ##有网友说 snp位点和indel的分离也...
--keep ： 保留样品 --remove ： 删除样品 5. vcftools计算vcf文件的snp缺失率 vcftools --vcf...
Specify an individual to be kept or removed from the analysis. This option can be used multiple times to specify multiple individuals. If both options are specified, then the “–indv” option is executed before the “–remove-indv option”. ...
–indv –remove-indv –keep<filename></filename> –remove<filename></filename> –max-indv 基因型过滤参数 –remove-filtered-geno-all 排除flag不为’.’和’PASS’的基因型 –remove-filtered-geno <string>排除flag为string的基因型</string> ...
vcftools可以随机抽取指定个样品的vcf文件,用到的选项为--max-indv,指定要从vcf文件中随机抽取指定个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 随机抽取5个样品,执行以下代码: vcftools --vcf snp.vcf --max-indv 5 --remove-indels --recode --out outfilename ...
如果你想从VCF文件中只提取SNP或InDel变异,可以使用--remove-indels或--keep-only-indels选项。例如,只保留SNP: bash vcftools --vcf in.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out snp_only.vcf 或者只保留InDel: bash vcftools --vcf in.vcf --keep-only-indels --recode --recode-INFO...
By default the executable can be found in thebin/subdirectory. To run the program, type: ./vcftools The program will return information regarding the version number. Get basic file statistics The executable can be run with only an input VCF file without any other options, and will return basi...
4. 去除和保留vcf中指定样本：通过--keep和--remove参数，用户可以选择保留或删除特定样本的变异信息。5. 计算vcf文件的snp缺失率：使用--missing-indv和--missing-site参数，vcftools可以生成snp缺失率的统计文件。为了更全面地了解生物信息学软件的使用，这里推荐了多种生信软件，包括但不限于：测序下...