vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--indv1--indv10> out.vcf AI代码助手复...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1--...
2021-06-08 vcftools提取特定vcf子集 vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recod...
--indv,--remove-indv保留或删除指定样本 --keep FILE,--remove保留/删除多个体的文件 --max-indv INT随机保留INT数目的样本。 基因型过滤 --remove-filtered-geno-all,--remove-filtered-geno保留/删除 FILTER FLAG的位点。 --minGQ删除GQ值低于数值的位点 --minDP,--maxDP保留覆盖率min~max范围内的位点。
--remove-indv 'Samplename' ###只删除一个样本 第二个需求,只提取其中的SNP,剔除indel --remove-indels ##若想移除snp位点信息则用--keep-only-indels ##有网友说 snp位点和indel的分离也可以用gatk,但我没用过 --positions specific_position.txt ...
vcftools可以随机抽取指定个样品的vcf文件,用到的选项为--max-indv,指定要从vcf文件中随机抽取指定个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 随机抽取5个样品,执行以下代码: vcftools --vcf snp.vcf --max-indv 5 --remove-indels --recode --out outfilename ...
--vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --remove-indv sample01 > out.vcf#...
Specify an individual to be kept or removed from the analysis. This option can be used multiple times to specify multiple individuals. If both options are specified, then the “–indv” option is executed before the “–remove-indv option”. ...
–indv –remove-indv –keep<filename></filename> –remove<filename></filename> –max-indv 基因型过滤参数 –remove-filtered-geno-all 排除flag不为’.’和’PASS’的基因型 –remove-filtered-geno <string>排除flag为string的基因型</string> ...
#–snps FILE, --exclude根据ID文件进行过滤#变异类型过滤#–keep-only-indels#–remove-indels即保留或去除SNP,留下INDEL。#–remove-filterer-allFILTER列除了PASS保留,其余都过滤#对样品个体进行过滤#–indv, --remove-indv保留或删除指定样本#–keep FILE,–remove 保留/删除多个体的文件#基因型过滤#–remove...