这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cd vcftools-...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzipvcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装 bashautogen.sh ./configure...
conda install -c bioconda vcftools 这条命令会从bioconda这个conda频道中下载并安装vcftools及其所有依赖项。 执行安装命令: 按回车键执行上述命令。conda将开始下载并安装vcftools。这个过程可能需要一些时间,具体取决于你的网络连接速度和计算机的性能。安装过程中,conda会显示下载的进度和安装的状态。 验证vcftools是否...
Converting VCF files to PLINK format 三、简单使用 1、查看统计信息 $ vcftools --vcf snps.filtered.pass.vcf --counts#After filtering,kept 1 out of 1 Individuals#After filtering,kept 12114 out of a possible 12114 Sites$ vcftools --vcf snps.filtered.pass.vcf --depth -c > depth_summary.txt ...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...
VCFtools基础使用简介：安装：使用conda安装：VCFtools可以通过conda直接安装，这是一种简便快捷的安装方式。GitHub版本：GitHub平台提供了无需编译即可使用的VCFtools版本，这可以满足不同用户在不同环境下的需求。使用方法：参考官方文档：VCFtools的使用方法可以参考官方提供的详细说明文档，这将帮助用户更好地...
通过已经发表的玉米和大刍草基因组变异数据来计算感兴趣的基因组位置上,是否受到选择。主要是比较大刍草和玉米之间,该区间的多样性是否会下降,如果该区域内SNP的多态性下降,表明该区域内受到了选择。 在分析玉米基因组上的一段区域是否受到选择时,可比较玉米基因组和大刍草基因组在这段区域内的多态性,计算多态性指数pi...
vcftools是一个用于处理Variant Call Format (VCF)文件的工具,可以用于对基因组变异数据进行各种分析和操作。以下是vcftools的使用手册: 1.安装:vcftools可以在命令行下运行,需要先安装相应的软件包。可以从官网下载安装包进行安装,也可以使用包管理器进行安装。 2.输入文件:vcftools需要输入VCF格式的文件作为输入,可以使...
1. 从官网上下载最新版本的VCFTools源码；2. 解压源码，并使用您的当前用户名登录系统；3. 进入源码文件夹；4.运行命令行：./configure；5.执行make操作，生成可执行文件；6.运行make install，VCFTools会被安装在/usr/local/bin文件夹；7.如果要将VCFTools移动到其他路径，那么运行make installprefix=[...
查了一下资料,大概是PKG_CONFIG_PATH这个环境变量出了问题,找不到软件安装过程中依赖包的位置。 在PKG_CONFIG_PATH变量指定路径中,应该有库的名称加.pc的文件。 以下就是排查过程: a、首先看下这个变量到底是什么: 发现这个变量目前还是空的。 b、查找包含pkgconfig目录的所有路径:(网上搜的) ...