这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzipvcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装 bashautogen.sh ./configure...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools./examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装 bash autogen.sh ./configure make ...
警告 忽略就好吧，怕有隐形 照着警告说明看看VCF文件就好了；
VCFtools 是一个用于处理变异体调用格式 (VCF) 文件的软件工具集。它可以帮助研究人员分析基因组变异,并提供了许多实用的功能,如计算平均测序深度。 2.计算平均测序深度的原理 平均测序深度是指在一个基因组区域中,所有测序读段的总深度与该区域总长度的比值。VCFtools 计算平均测序深度的原理是将所有测序读段的长度...
在进行structure堆叠图绘制时,需要用到以下软件:vcftools、bcftools、plink、admixture软件。下面具体介绍这些软件的安装过程(注 :前三个在mac/windows上装,后一个在linux服务器上装)。 1.vcftools的安装 (1).vcftools下载 下载网站如下: https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/ ...
VCFtools 相关用法 我的目的: 写一个python脚本能够将gff格式或者bed格式的某些区间内(比如想看某些基因上的具体变异情况)的SNP提取出来,并且每个区间单独存储,或者在结构文件中进行标注。
A set of tools written in Perl and C++ for working with VCF files, such as those generated by the 1000 Genomes Project. - vcftools/src/cpp/vcf_file.cpp at master · vcftools/vcftools
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到 2. 解压缩 代码语言:javascript 复制 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip ...
等位基因频率是指在一个群体中,某一等位基因在所有等位基因中所占的比例。 2.2 计算方法 常用的计算等位基因频率的方法有Hardy-Weinberg 平衡定律和最大似然估计。 - Hardy-Weinberg 平衡定律:适用于小群体、无突变、无选择、无迁移的情况下。公式为:p^2 + 2pq + q^2 = 1,其中 p 表示主效等位基因频率,q...
vcftools是一个用于处理Variant Call Format (VCF)文件的工具,可以用于对基因组变异数据进行各种分析和操作。以下是vcftools的使用手册: 1.安装:vcftools可以在命令行下运行,需要先安装相应的软件包。可以从官网下载安装包进行安装,也可以使用包管理器进行安装。 2.输入文件:vcftools需要输入VCF格式的文件作为输入,可以使...