4,筛选符合过滤的位点 vcftools --vcf filter_snp_indel.vcf --remove-filtered-all --recode --recode-INFO-all --stdout > pass_snp_indel.vcf # --remove-filtered-all,删除所有FILTER标志而不是PASS标志的位点, # --stdout,使文件可以重定向,如果里需要压缩文件这里就可以配合管道符使用 #如果这里不需要...
4. vcftools去除和保留vcf中指定样本 # 只保留sample01和sample02样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --indv sample01 --indv sample2 > out.vcf# 去除sample01样本变异信息vcftools --vcf sample.vcf --recode --recode-INFO-all\--stdout --remove-indv sample...
用--stdout or -c可以重定位所有输出到标准输出,可以通过管道输出给别的软件或者直接输入到某个输出文件。 1 2 3 vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --stdout | less vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --re...
代码如下: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf 参考:https://www.jianshu.com/p/938d0903e312
--stdout 和 -c 输出到标准输出,能通过管道与其它命令结合 3.2 过滤SNP的选项 POSITION FILTERING 可以提供一些位置信息,或是能表示位置的文件,具体参数见官方文档 ALLELE FILTERING --maf 和 --max-maf用来限定最小等位基因频率(MAF)的范围 --mac 和 --max-mac和上面类似,用来限定最小等位基因的数量 ...
vcftools--gzvcf input_file.vcf.gz--remove-filtered-all--recode--stdout|gzip-c>output_PASS_only.vcf.gz AI代码助手复制代码 5.为bcf文件中的每个站点输出Hardy-Weinberg p值,该站点没有任何缺失的基因型 vcftools--bcfinput_file.bcf--hardy--max-missing1.0--outoutput_noMissing ...
说明: –gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 ...
–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--indv1--indv10> out.vcf ...
#保留 vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf #去除 vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove id.txt > out.vcf 1 2 3 4只保留1号和10号vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --in...