结果文件(all_snp_hardy.hwe) 6,计算pi(π) vcftools --vcf all.SNP.vcf --window-pi 10000 --window-pi-step 100 --out L_donovani_all_samples_10kb_100b # --window-pi 10000 ,计算pi,滑动窗口为10kb # --window-pi-step,可选参数 L_donovani_all_samples_10kb.windowed.pi(不添加步长结果文件...
vcftools可以对vcf文件做滑窗处理,并给出每个窗口内变异位点数量和多态性pi值。具体方法如下: vcftools --gzvcf raw.filtered.snp.vcf.gz --window-pi 125 --window-pi-step 5 --window-pi 指定窗口大小, --window-pi-step 指定步长大小 结果文件格式如下:...
--window-pi 10000 --window-pi-step ##pi,核苷酸多样性,越大说明核苷酸多样性越高,越低说明两个座位DNA序列差异越小 #计算pi,滑动窗口为10kb,可选窗口滑动step参数 ## Fst --weir-fst-pop 20data/10number.txt --weir-fst-pop 20data/20number.txt --fst-window-size 500000 ## Fst, 分化系数,从0...
--window-pi ：指定窗口大小 --window-pi-step ： 指定步长大小 out.windowed.pi 4. vcftools去除...
–window-pi, --window-pi-step计算窗口中的核酸多样性值 FST计算 –weir-fst-pop FILE:file must contain a list of individuals (one individual per line) from the VCF file that correspond to one population,可多次,生成weir.fst文件 –fst-window-size, --fst-window-step FSTc滑动窗口计算,重测序一...
2. 提取指定区域的变异信息：通过参数--vcf、--chr、--form-bp和--to-bp，用户可以指定一个区域，vcftools将提取该区域内的变异信息，输出到指定的文件中。3. 对vcf文件进行划窗处理：使用--window-pi和--window-pi-step参数，用户可以对vcf文件进行滑窗处理，统计每个自定义大小窗口内的变异位点...
–window-pi –window-pi-step FST计算 –weir-fst-pop<filename></filename> –fst-window-size –fst-window-step 其它计算 –het –hardy –site-quality 主要用于提取VCF文件中每个位点的QUAL信``` --missing-indv --missing-site 计算每个位点的缺失率 ...
## sliding window Fst值(滑动窗口,窗口10kb,步长5kb) vcftools --vcf input_data.vcf --window-pi 10000 --window-pi-step 5000 --out pop1_vs_pop2 & 1. 2. 3. 4. 5. 转换成Plink格式: vcftools --vcf input_data.vcf --plink --chr 1 --out output_in_plink ...
–window-pi –window-pi-step Measures the nucleotide diversity in windows, with the number provided as the window size. The output file has the suffix “.windowed.pi”. The latter is an optional argument used to specify the step size in between windows.滑动窗口计算sliding windows,参考A refere...
–site-pi 计算所有SNP –window-pi –window-pi-step 8.输出格式 –recode –recode-bcf –recode-INFO –recode-INFO-all –contigs 9.格式转换 –012 –IMPUTE –ldhat –ldhat-geno –BEAGLE-GL –BEAGLE-PL –plink ——— 版权声明:本文为CSDN博主「随风而...