–from-bp INT, --to-bp,需和–chr一起使用,指定区域 –positions FILE,–exclude-positions接tab分割的多个坐标位置文件 –bed FILE,–exclude-bed根据BED文件进行过滤 根据指定ID位点过滤 –snp 根据vcf文件第三列ID列的snp名进行过滤。 –snps FILE, --exclude根据ID文件进行过滤 变异类型过滤 –keep-only-i...
然后,我们将此文件反馈到VCFtools以删除任何基因座。 vcftools --vcf DP3g95maf05.recode.vcf --exclude-positions badloci --recode --recode-INFO-all --out DP3g95p5maf05 同样,我们只有两个个体,所以我们的过滤可以过滤这些。然而,在多地点采样的研究就不能像这样处理了。
可后接管道操作#–temp指定输出目录#过滤参数#–chr, --not-chr指定过滤选择某染色体,可多次使用#–from-bp , --to-bp,指定区域#–positions FILE,–exclude-positions接tab分割
指定要处理的一系列站点的下限和上限 –positions<filename> –exclude-positions <filename> 根据文件中的位置列表包括或排除一组位点。输入文件的每一行应包含(制表符分隔的)染色体和位置 ··· 根据位点过滤 –snp <string>字符串的名称可以匹配dbSNP的数据,适合人类基因组,该指令可多次使用</string> –snps<fil...
–exclude-positions Include or exclude a set of sites on the basis of a list of positions in a file. Each line of the input file should contain a (tab-separated) chromosome and position. The file can have comment lines that start with a “#”, they will be ignored.自己理解下就好 ...
–exclude-positions <filename> 根据文件中的位置列表包括或排除一组位点。输入文件的每一行应包含(制表符分隔的)染色体和位置 ··· 根据位点过滤 –snp <string>字符串的名称可以匹配dbSNP的数据,适合人类基因组,该指令可多次使用</string> –snps<filename> -exclude...
2、vcftools提取多个指定位置(不是一段区域)的vcf文件 如果只想提取指定多个独立位置(specific position)的基因型(genotypes),则可以用到vcftools工具 (此段感谢健明兄特意提出来,语言描述的不是很清楚。) 命令行如下: 1 vcftools --gzvcffile.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --out specific...
--positions--exclude-positions Include or exclude a set of sites on the basis of a list of positions in a file. Each line of the input file should contain a (tab-separated) chromosome and position. The file can have comment lines that start with a "#", they will be ignored. ...
Sites with positions less than or greater than these values will be excluded. These options can only be used in conjunction with a single usage of --chr. Using one of these does not require use of the other. --positions <filename> --exclude-positions <filename> Include or exclude a ...
-bed –exclude-positions 3.合并vcf 样本的合并: vcf-merge NA14624-100-1_gatk-ug.vcf.gz NA14624-100-1_gatk-ug.vcf.gz >merge_vcf 几个样本的合并,每个样本占有一列 位点的合并(可以多个样本的合并) vcf-concat A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz | gzip -c > out.vcf.gz ...