vcftools用法 vcftools用法 vcftools是一个处理VCF格式文件的工具，适合群体遗传学或基因组数据分析。这里用实际例子说明基础操作，避免复杂术语，直接给命令和解释。安装很简单，大部分系统用conda直接搞定。打开终端输入condainstall -c biocondavcftools，等待安装完成。验证是否成功输入vcftools，看到版本信息就行。处理VCF...
You can use VCFtools to filter out variants or individuals based on the values within the file. For example, to filter the sites within a file based upon their location in genome, use the options--chr,--from-bp, and--to-bpto specify the region. ./vcftools --vcf input_data.vcf --chr...
set_haploid_region在指定bed文件的所有区域中将倍性更改为单倍体-为更改区域中的任何杂合变体添加过滤器。 get_drawn_regions从gVCF创建一个称为被调用区域的bed文件。 配置流程 1.配置编译环境 安装相关依赖。 yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel-y ...
usage:vcffilter[options]<vcf file>options:-f,--info-filterspecifies afilterto apply to the info fields of records,removes alleles whichdonot pass thefilter-g,--genotype-filterspecifies afilterto apply to the genotype fields of records-k,--keep-info usedinconjunction with'-g',keeps variant i...