vcf文件与vcftools(一) 在用于存储reads比对结果的SAM/BAM格式提出之后(2009年),用于存储变异检测结果的格式VCF( variant call format )也被提出(2010年),与此同时作者还提供了配套的处理工具——vcftools。 1. vcf文件 vcf主要包括两部分,以##和#开头的header信息,以及主体variation信息。 1.1 header部分 以#开头...
利用vcftools比较两个vcf文件 2019-12-11 20:27 −因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff... ...
开始下载解压安装zlib: wget http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gztar -xzvf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11/./configure make make install 比较顺利。 使用如下命令查找发现和安装zlib之前相比多处一个路径 : find / -name pkgconfig 查看该路径下内容,果然正是需要的文件: 把/usr/local/lib/...
利用vcftools比较两个vcf文件 因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1....
vcftools过滤 vcftools --vcf E214aa_merge.haplot.vcf --minDP 8 --recode --recode-INFO-all --out E214aaa.merge.miDP8 这里做一个记录,当我们用vcftools过滤测序深度的后, GT:AD:DP:GQ:PL 这一部分基因型值会将测序深度不够的标注为 “./.” 这时候如果我们想删除这些,用grep反选就可以...
利用vcftools比较两个vcf文件 2019-12-11 20:27 −因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff... ...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzipvcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...
为了实现这一点,深度传感器需要首先将 VCF 文件中的变异体位置转换为参考基因组上的坐标。然后,对于每个窗口,深度传感器将计算窗口内所有变异体的深度之和,并将其除以窗口的长度,得到该窗口的平均测序深度。最后,深度传感器将所有窗口的平均测序深度求和,得到整个区域的平均测序深度。 4.总结 VCFtools 通过使用深度...
1. 提取基因型信息：使用--extract-FORMAT-info选项，vcftools可以提取特定的基因型信息。2. 提取指定区域的变异信息：通过参数--vcf、--chr、--form-bp和--to-bp，用户可以指定一个区域，vcftools将提取该区域内的变异信息，输出到指定的文件中。3. 对vcf文件进行划窗处理：使用--window-pi和--...
vcftools是一个用于处理Variant Call Format (VCF)文件的工具,可以用于对基因组变异数据进行各种分析和操作。以下是vcftools的使用手册: 1.安装:vcftools可以在命令行下运行,需要先安装相应的软件包。可以从官网下载安装包进行安装,也可以使用包管理器进行安装。 2.输入文件:vcftools需要输入VCF格式的文件作为输入,可以使...