功能: vcftools常见的功能就是计算pi(π),Fst,Tajima's D,He等,但其功能远不止如此。 1,输出vcf文件中指定染色体上所有位点的等位基因频率 vcftools --vcf all.SNP.vcf --freq --chr CM032067.1 --out chr1_analysis # --vcf输入文件格式,如果是bcf文件则改为--bcf # --freq,在结果文件中显示等位基因...
1. vcftools提取基因型 vcftools使用 --extract-FORMAT-info 选项来提取基因型信息。 vcftools --vcf sample.raw.vcf --extract-FORMAT-info GT --out sample# 结果文件# sample.GT.FORMAT sample.GT.FORMAT 2. vcftools提取指定区域的变异信息 # 提取chr1 5M-10M区域的变异位点vcftools --vcf sample.snp.vcf\...
现在我们可以组合两个过滤器来生成另一个VCF文件。 vcftools --vcf DP3g95p5maf05.fil5.vcf --recode-INFO-all --out DP3g95p5maf05.FIL --max-meanDP 102.5 --exclude-positions DP3g95p5maf05.fil5.lowQDloci --recode 最后,VCFtools在可能的9164位点中保留了8417个。 这个教程主要是展示了如果从多...
call 过很多次SNPs了，每次都加上了--hwe选项，一般是--hwe 0.001，意思是移除不符合哈温平衡的位点(0.001 水平)。有时候也会想，如果samples来自的是不同的物种，怎么能随便加hwe呢。它们来自不同物种不能自由交配，更不可能达到哈温平衡，这个选项应该没有意义。最近取biostar提了这个愚蠢的问题，...
vcf文件储存的是样本的变异信息文件,在同一批次分析中,如果不是采用joint calling的方式进行分析,最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异SNP分析,此处就需要对文件进行合并。vcf文件的合并有很多的软件可以做,主要的就是GATK、vcftools和bcftools三种,但是具体的合并方法需要根据不同vcf文件中...
因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: ...
1. 提取某份材料的vcf文件 2. 提取部分材料的vcf文件 3. 按照染色体提取VCF 4. 按照染色体指定区域的vcf
2019-12-11 20:27 −因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff...
通过已经发表的玉米和大刍草基因组变异数据来计算感兴趣的基因组位置上,是否受到选择。主要是比较大刍草和玉米之间,该区间的多样性是否会下降,如果该区域内SNP的多态性下降,表明该区域内受到了选择。 在分析玉米基因组上的一段区域是否受到选择时,可比较玉米基因组和大刍草基因组在这段区域内的多态性,计算多态性指数pi...
--site-pi:位点的期待杂合度。(计算等位基因频率p、q, 处于哈迪温伯格平衡时杂合子的概率,即2pq。) 001、 plink 软件中计算位点的期待杂合度 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3#lsresult.map result.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3#plink --file result --hardyPLINK v1.90b6.2664-bit (2Apr...