vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools--vcfin.vcf--recode--recode-INFO-all--stdout--indv1--indv10> out.vcf AI代码助手复...
vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --stdout | less vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode -c > ../subset.vcf vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --reco...
--recode-INFO-all:在重新编码的VCF文件中包含所有INFO字段。 5. 检查输出文件 运行完命令后,检查生成的输出文件(如output.vcf),确认指定位置的SNP已被正确提取。 示例位置文件(positions.txt) text 1:123456 2:654321 X:789012 示例VCF文件(data.vcf.gz的部分内容,解压后) vcf #CHROM POS ID REF ALT QUAL...
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz --max-missing --max...
vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing。 具体用法如下: 运行以下命令: vcftools --vcf snp.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --max-missing...
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为--indv 和--remove-indv,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下: 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品,执行以下代码: vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1-...
vcftools--gzvcf input_file.vcf.gz--remove-filtered-all--recode--stdout|gzip-c>output_PASS_only.vcf.gz AI代码助手复制代码 5.为bcf文件中的每个站点输出Hardy-Weinberg p值,该站点没有任何缺失的基因型 vcftools--bcfinput_file.bcf--hardy--max-missing1.0--outoutput_noMissing ...
vcftools--gzvcf Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels_maf05.vcf.gz--thin1000--stdout--recode--recode-INFO-all|bgzip>Massoko_Dryad_VCF_final_subset_noIndels_maf05_thinned1K.vcf.gz 这里不明白的参数--maf--max-maf通常会设置最小等位基因频率来过滤vcf文件,但这里设置最大等位基因频率是什么意思...
–gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf）–chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all：将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout：标准输出，后接管道命令 –gzip -c：压缩 --max-missing --max-missing的取值是0-1，...
处理VCF文件前先检查数据质量。运行vcftools–vcf input.vcf –freq2 –outoutput，生成等位基因频率文件output.frq。想统计缺失率加参数–missing-site，生成output.lmiss查看每个位点的缺失数据比例。过滤数据是高频操作。比如剔除缺失率高于30%的位点：vcftools–vcf input.vcf –max-missing 0.7 –recode –recode-...