## 后面不加数字表示单纯计算输出等位基因频率,不是按照等位基因频率进行过滤 ## --freq --chr 1 计算1号染色体等位基因频率 --missing-indv ##[针对个体进行过滤]--vcftools --vcf+文件名 -missing-ind ##执行以上命令获取out.miss文件,其中包括染色体、SNP名称 N_MISS(缺失个数)、 N_GENO(总个数)、 F...
vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode --stdout | less vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --recode -c > ../subset.vcf vcftools --vcf test.vcf --chr chr1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 --reco...
–chr, --not-chr指定过滤选择某染色体,可多次使用 –from-bp INT, --to-bp,需和–chr一起使用,指定区域 –positions FILE,–exclude-positions接tab分割的多个坐标位置文件 –bed FILE,–exclude-bed根据BED文件进行过滤 根据指定ID位点过滤 –snp 根据vcf文件第三列ID列的snp名进行过滤。 –snps FILE, --e...
因此我们需要使用我们的染色体或则contig,scaffold作为染色体id,于是可以使用一下方法解决该问题。 1、利用bcftools创建chr-map映射文件 bcftools view -H sample.vcf|cut-f1|uniq|awk'{print $0"\t"$0}' > sample.chr-map.txt 2、然后利用vcftools转为plink文件 vcftools --vcf sample.vcf --plink --chrom-map...
--vcf :vcf文件 --chr :筛选区域所在的染色体 --form-bp :筛选区域的起始位置 --to-bp :筛选区域的终止位置 --out : 输出文件的前缀 --recode sample.recode.vcf 3. vcftools对vcf文件进行划窗处理 对vcf文件进行滑窗处理,统计每个自定义大小窗口内的变异位点数量和多态性pi值。
这两个参数需要和–chr一起使用 指定要处理的一系列站点的下限和上限 –positions<filename> –exclude-positions <filename> 根据文件中的位置列表包括或排除一组位点。输入文件的每一行应包含(制表符分隔的)染色体和位置 ··· 根据位点过滤 –snp <string>字符串的名称可以匹配dbSNP的数据,适合人类基因组,该指令...
–chr <chromosome> –not-chr <chromosome> 包含或排除匹配的染色体位点 –from-bp –to-bp 这两个参数需要和–chr一起使用 指定要处理的一系列站点的下限和上限 –positions<filename> –exclude-positions <filename> 根据文件中的位置列表包括或排除一组位点。输入文件的每一行应包含(制表符分隔的)染色体和位...
–gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文件,有过滤操作都要加上--recode –recode-INFO-all:将输出的文件保存所有INFO信息 –stdout:标准输出,后接管道命令 –gzip -c:压缩 output.vcf.gz:将结果输出到output.vcf.gz ...
1. 提取基因型信息:使用--extract-FORMAT-info选项,vcftools可以提取特定的基因型信息。2. 提取指定区域的变异信息:通过参数--vcf、--chr、--form-bp和--to-bp,用户可以指定一个区域,vcftools将提取该区域内的变异信息,输出到指定的文件中。3. 对vcf文件进行划窗处理:使用--window-pi和--...
VCF文件过滤,筛选Chr1区间内的变异信息(chr1:1000000-2000000): vcftools --vcf input_data.vcf --chr 1 --from-bp 1000000 --to-bp 2000000 ## 输出结果 out.recode.vcf ## 输出文件 out.log ## log信息 ## --out制定输出文件的前缀 vcftools --vcf input_data.vcf --chr 1\ ...