$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam提取没有比对到参考序列上的比对...
# samtools view 使用说明:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-Hprint headeronly(no alignments)仅仅输出文件的头-Sinput isSAM默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好...
samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 -m:每个线程运行内存大小(可使用K M G...
samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam # 提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam ...
samtools view example.bam scaffold1:30000-100000 > scaffold1_30k-100k.sam -b:输出为bam格式,默认输出SAM格式。 -S:出入为sam格式,默认输入文件是bam文件。新版本自动检测,可忽略该参数。 -o:输出文件的名字。 -h:设定输出sam文件时带header信息,默认输出sam不带header信息。
使用 1、常用的三个步骤 转换SAM 格式为 BAM 格式 samtools view -S SRR00000.sam -b > SRR00000.bam 对比对后文件进行排序 samtools sort SRR00000.bam -o SRR00000_sorted.bam 对排序后文件建立索引 samtools index SRR00000_sorted.bam 通常以上的三个步骤是依次进行 ...
参数: -b bam 输出bam -S sam 输入sam -@ 线程 在比对完成的sam文件中,包含着mapped reads 和unmapped reads $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果,步包含标签 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考...
是view的一个应用-b指定输出文件为bam, -S 指定输入文件为sam 随机取出bam文件的某一部分出来， 必须要有index文件 ，否则会报错： [bam_index_load] fail to load BAM index. [main_samview] random alignment retrieval only works for indexed BAM files.关于view更详细的参数说明 ：-h是将bam...
samtools view -bF 12 sample.bam > sample_all.mapped.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bf 4 sample.bam > sample_unmapped.bam 四、bam文件转化为fastq文件 将输入的bam文件转化为fastq文件,并将结果保存至指定的输出-1-2-0-0-s中. ...