# samtools view 使用说明:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-Hprint headeronly(no alignments)仅仅输出文件的头-Sinput isSAM默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。
要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令,使用-S参数指定我们的输入是SAM格式(默认BAM),使用-b参数指定输出格式是BAM(默认BAM)。Samtools会将返回结果发送到标准输出(UNIX STDOUT),因此需要使用重定向运算符 (“>”) 将其重定向到BAM文件,或者添加-o参数,指定输出文件名。 samtools view -S -b sample.sam > s...
samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 -m:每个线程运行内存大小(可使用K M G...
samtools view -H input.bam: 以文本格式仅查看bam文件的header 使用三 : sam ---> bam samtools view -b input.sam > output.bam samtools view -O BAM input.sam > output.bam 这种情况下,不必使用-h参数,生成的bam文件中会自动带有之前文件中的header ...
1. view view命令的主要功能是查看bam和sam文件的内容。 bam文件是sam文件的二进制格式,占用空间小,运算速度快。 view命令的用法和常用参数: Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>[region[...]]默认情况下不加region,则是输出所有的region.Options:-b 默认输出sam格式文件,该参数设置输出bam格式-h...
samtools view-h d0.bam-o test.sam-b #view命令默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出为BAM格式-H#仅仅输出文件的头部信息-h #默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-@ #指定线程-o #设定输出文件-1#启用快速压缩,更改默认输出格式为BAM ...
samtools选项参数: -o:输出结果文件 -O:输出文件格式 -@:线程数目 --reference:参考序列 案例一:sam和bam格式转换 samtools view -Sb -o A1.bam /ifs1/Sequencing/A1.sam 案例二:排序 samtools sort -@ 4 -m 12G -O bam -o A1.sorted.bam A1.bam ...
-T FLOAT MAQ一致性检测模式的theta参数[0.85](错误依赖系数) -N INT样本中的单倍型数量[默认2,要求>=2] -r FLOAT 每一对单倍体之间期望的片段差异值[0.001] -I(i) INT 序列中插入缺失的Phred概率[40] 8)samtools tview <in.sorted.bam> [ref.fasta],文本定位查看器,在查看器中,使用?取得帮助,按下...