-q:定位的质量大于INT[默认0] -l:仅输出在STR 库中的reads -F:获得比对上(mapped)的过滤设置[默认0] -f:获得未必对上(unmapped)的过滤设置[默认0] -T:使用fasta格式的参考序列 …… 实例演示: bam文件转换为sam文件 samtools view -h smallNA06985 > test.sam sam文件转换为bam文件 samtools view -bS...
默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。-b ：声明输出为bam格式的文件。 -h ：保留sam文件的header（如果有的话），header信息常包括比对的参考基因组的染色体信息和比对的命令 -@ ：指明使用的线程数 以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对...
$ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参...
samtools view -q 30 test.bam |awk '{print $1,$5}'|head -3筛选出比对成功,但是并不是完全匹配的序列 基本用法:samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -52.Sort对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam-...
samtools view-bF4abc.bam>abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view-bF12abc.bam>abc.F12.bam # 提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view-bf4abc.bam>abc.f.bam ...
samtools view的参数很多,-b、-C、-1、-u、-h、-H和-C选项将更改缺省的无header SAM的输出格式,而-o和-u选项将设置输出文件名。-t和-T选项提供了额外的参考数据。当SAM输入不包含@SQ headers时,这两个选项中的一个是必需的,当编写CRAM输出时,-T选项是必需的。-L、-M、-r、-R、-d、-D、-s、-q...
参数: -b bam 输出bam -S sam 输入sam -@ 线程 在比对完成的sam文件中,包含着mapped reads 和unmapped reads $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果,步包含标签 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考...
-u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads。。数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值。。一般20就可以 例子: 1⃣️ sam文件转位bam文件:samtools view -bS file.sam > file.bam ...
在使用bwa这个软件来把测序数据比对到参考基因组的时候如果没有加上-a这个参数,那么输出的sam文件里面,bwa会对每一个有multiple mapping情况的reads的MAPQ值设置为0,所以提取unique mapping的reads是非常容易的:samtools view -q 1 -O bam -o sample1.highQual.bam [sample1.sam|sample1.bam]...