-q:定位的质量大于INT[默认0] -l:仅输出在STR 库中的reads -F:获得比对上(mapped)的过滤设置[默认0] -f:获得未必对上(unmapped)的过滤设置[默认0] -T:使用fasta格式的参考序列 …… 实例演示: bam文件转换为sam文件 samtools view -h smallNA06985 > test.sam sam文件转换为bam文件 samtools view -bS...
$ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参...
samtools view -f 16 -c bwa.bam # 6347 ### 反链比对上的,且是非 未必对上的 samtools view -f 16 -F 4 -c bwa.bam ### 比对到正链上,且是非 未比对上的 samtools view -c -F 20 bwa.bam 过滤低质量比对, 5列MAPQ bwa比对的MAPQ值0代表未多次比对 q参数表示保留比对质量值大于等于此q值 samt...
samtools view-bS abc.sam>abc.bam #BAM转换为SAMsamtools view-h-o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view-bF4abc.bam>abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view-bF12abc.bam>abc.F12.bam ...
samtools view的参数很多,-b、-C、-1、-u、-h、-H和-C选项将更改缺省的无header SAM的输出格式,而-o和-u选项将设置输出文件名。-t和-T选项提供了额外的参考数据。当SAM输入不包含@SQ headers时,这两个选项中的一个是必需的,当编写CRAM输出时,-T选项是必需的。-L、-M、-r、-R、-d、-D、-s、-q...
默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。-b ：声明输出为bam格式的文件。 -h ：保留sam文件的header（如果有的话），header信息常包括比对的参考基因组的染色体信息和比对的命令 -@ ：指明使用的线程数 以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对...
1.view view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] | [region1 [...]] # 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -boutput BAM # 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间...
view samtools view [options] in.sam|in.bam|in.cram [region...] -f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads -F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的reads,也就是说提取出mapping上的reads -u 输出格式为未压缩的bam格式 -q 过滤掉MAPQ值低某个阈值 ## -q 1 过滤掉MAPQ值低于1的情况 ...