samtools tview test.sort.bam 具体操作:按下g键,如上界面,有一个Goto对话框,提示输入要到达基因组的某一个位点。在这里,由于没有提供参考基因组,第一排都是N。 我们可以使用H(左)J(上)K(下)L(右)移动显示界面。大写字母移动快,小写字母移动慢。使用空格键向左快速移动,CTRL+H向左移动1KB,CTRL+L向右移...
$ samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam (9)sam 和 bam 格式转换 #BAM转换为SAM $ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref...
使用samtools的-b参数完成sam->bam格式转换(sam:纯文本,可读性好;bam:二进制文件,后续处理效率更高) $ samtools view -b celegans.sam > celegans_copy.bam 使用-h参数将header引入才可以转换回sam文件以供手动检查。 $ samtools view -h celegans.bam > celegans_copy.sam 二、samtools分析指南 SAMtools So...
# samtools view 使用说明:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-Hprint headeronly(no alignments)仅仅输出文件的头-Sinput isSAM默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好...
默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。-b ：声明输出为bam格式的文件。 -h ：保留sam文件的header（如果有的话），header信息常包括比对的参考基因组的染色体信息和比对的命令 -@ ：指明使用的线程数 以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对...
samtools view-h d0.bam-o test.sam-b #view命令默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出为BAM格式-H#仅仅输出文件的头部信息-h #默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-@ #指定线程-o #设定输出文件-1#启用快速压缩,更改默认输出格式为BAM ...
samtools view your_file.bam 这里your_file.bam 是你要查看的 BAM 文件的名称。 可选参数 -h 参数可以在输出中包含头部信息(header),这对于理解 BAM 文件的格式和结构非常有帮助: bash samtools view -h your_file.bam 如果你只想查看 BAM 文件中的读取数(reads count),可以使用 -c 参数: bash samto...
用samtools view可以直接查看SAM/BAM文件的内容,加上-h参数可以打印header。samtools view -h align.bam...
samtools view -h NA12878.bam >NA12878_2.sam samtools view -b -S NA12878.sam > NA12878_2.bam 1. 2. 2. cram=>bam samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam ...