samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads1比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage:samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print...
$ samtools view -b -F 516 celegans_sorted.bam > celegans_Filtering.bam -F以及-f参数也可以组合使用 使用命令行可视化工具samtools tview可视化部分Alignments,首先查阅Usage $samtools tview -p 1:999-1999 <aln.bam> [ref.fasta] 进一步可视化可以使用geneious或者IGV(详见《Bioinformatics Data Skill》第402...
$samtools view -@ 8 -bh -q 30 test.bam -o test.q30.bam -q参数只输出MAPQ(比对质量)大于等于该值的序列,上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 根据FLAG过滤 另外,通过-f和-F参数,我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于: -f:保留该flag值的序列(相当于grep) -F:保留除了该flag值以外的所有序列(...
#将sam文件转换成bam文件$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam #提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtool...
var.vcf 可以使用-f参数只输出未能比对上的reads。samtools view -f 4 sorted.bam > unmapped.bam ...
ps. 如果电脑只有 16个 CPU 线程（通常是 8 核） ，减少一点，不然会卡得死死的，特别是如果这台...
2.标志位解析:samtools flag可以通过使用不同的参数和选项,以人类可读的方式输出标记位的信息。 - -F参数:使用该参数过滤掉指定的标志位。比如,使用`-F 0x4`可以过滤掉反向互补序列的read。 - -f参数:使用该参数只保留指定的标志位。比如,使用`-f 0x20`可以只保留第二条read。 - -c参数:使用该参数计算满...
$ samtools view -f4 sample.bam > sample.unmapped.sam # 或者 $ samtools view sample.bam |perl -alne '{print if $F[2] eq "*" or $F[5] eq "*" }' > sample.unmapped.sam 虽然上面两个方法得到的结果是一模一样的,但是这个perl脚本运行速度远远比不上上面的samtools自带的参数。
(1)View samtools view -bS abc.sam > abc.bam #将sam文件转换为bam文件 参数: -b bam 输出bam -S sam 输入sam -@ 线程 在比对完成的sam文件中,包含着mapped reads 和unmapped reads $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果,步包含标签 $ samtools view ...