$samtools view -@ 8 -bh -q 30 test.bam -o test.q30.bam -q参数只输出MAPQ(比对质量)大于等于该值的序列,上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 根据FLAG过滤 另外,通过-f和-F参数,我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于: -f:保留该flag值的序列(相当于grep) -F:保留除了该flag值以外的所有序列(...
$ samtools view celegans.sam | tr '\t' '\n' | head -n 11 依次对应QNAME、FLAG、RNAME、POS、MAPQ、CIGAR、RNEXT/PNEXT、TLEN、SEQ、QUAL(详细信参阅《Bioinformatics Data Skills》第390页) 使用samtools的-b参数完成sam->bam格式转换(sam:纯文本,可读性好;bam:二进制文件,后续处理效率更高) $ sam...
samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 -m:每个线程运行内存大小(可使用K M G...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
$ samtools view-bF4lane.bam>lane.F.bam (3)提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view-bF12lane.bam>lane.F12.bam (4)提取没有比对到参考序列上的比对结果 f $ samtools view-bf4lane.bam>lane.f.bam ...
$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam ...
var.vcf 可以使用-f参数只输出未能比对上的reads。samtools view -f 4 sorted.bam > unmapped.bam ...
$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam ...
samtools view-bS abc.sam>abc.bam #BAM转换为SAMsamtools view-h-o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view-bF4abc.bam>abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 ...