$ samtools view-b-Slane.bam-o lane.sam samtools view-hNA12878.bam>NA12878_2.sam (2)提取比对到参考序列上的比对结果 F $ samtools view-bF4lane.bam>lane.F.bam (3)提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view-bF12lane.bam...
$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam提取没有比对到参考序列上的比对...
samtools view-bf4test.bam>test.f.bam 双端reads都比对到参考基因组上的数据 samtools view-bF12test.bam>test.12.bam ## 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可,但其实我们双端测序的数据是需要取PEmap到同一个fragment的reads samtools view-bf2te...
-T FLOAT MAQ一致性检测模式的theta参数[0.85](错误依赖系数) -N INT样本中的单倍型数量[默认2,要求>=2] -r FLOAT 每一对单倍体之间期望的片段差异值[0.001] -I(i) INT 序列中插入缺失的Phred概率[40] 8)samtools tview [ref.fasta],文本定位查看器,在查看器中,使用?取得帮助,按下g从一个区域开始位...
~/.bashrc 5.运行:samtoolssamtools常用命令详解1.viewview命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能...对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总,是处理sam和bam文件不可或缺的...
包含有许多命令,我这里主要介绍几个: samtools官网:http://www.htslib.org/ 一、软件安装使用conda安装 conda install samtools 二、Samtools...的用法 1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件...
~/.bashrc 5.运行:samtools samtools常用命令详解1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能...对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总,是处理sam和bam文件不可或...
samtools view-b-S-o eg2.bam eg2.sam -b指定输出格式为BAM(indicates that the output is BAM)-S指定输入格式为SAM(indicates that the input is SAM)-o指定输出文件名(specifies the name of the output file) 代码语言:javascript 复制 samtools sort eg2.bam-o eg2.sorted.bam ...
功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件..默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩..必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads.....