samtools view -bf 4 test.bam > test.f.bam 双端reads都比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads1比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam >...
samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2....
是view的一个应用-b指定输出文件为bam, -S 指定输入文件为sam 随机取出bam文件的某一部分出来， 必须要有index文件 ，否则会报错： [bam_index_load] fail to load BAM index. [main_samview] random alignment retrieval only works for indexed BAM files.关于view更详细的参数说明 ：-h是将bam...
r chr3:1,000-2,000 in1.bam in2.bam samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta bcftools index in.bcf bcftools view in.bcf chr2:100-200 > out.vcf bcftools view -vc in.bcf > out.vcf 2> out.afs DESCRIPTION Samtools is a set of utilities that manipulate alignments in the BAM format....
1.samtoolsview samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式 ...
view SAM<->BAM<->CRAM conversion depad convert padded BAM to unpadded BAM 升级日志 移除了过时的samtools sort in.bam out.prefix使用说明。如果你仍在使用-f,-o,或者out.prefix,则可转用-T PREFIX,-o FILE替代。 将bamshuf重命名成collate。
除了上面提到的像samtools这些优秀的工具有写得非常友好详细的帮助文档之外,它还有一个优点:有统一的程序入口,即在主程序samtools下一层,还有若干个子命令,例如view、sort等,这样方便用户记忆和需要时进行查询 其实这个效果实现起来一点都不难,先给大家一个例子感受一下(下面的代码来着于黄树嘉大佬的github项目 cmdbtools...
1、View 主要功能讲sam文件转位bam文件。 涉及的参数: -b 输出bam格式。。默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header。。默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件。。默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数 -c 输出比对上的数
1.view view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] | [region1 [...]] # 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -boutput BAM # 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...