samtools view是一个用于查看和过滤SAM/BAM文件的命令行工具。它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部...
samtools view -f 16 test.bam|head -1 比对到正向链的reads 基本用法: samtools view -F 16 test.bam|head -1 统计共有多少条reads(pair-end-reads这里算一条)参与了比对参考基因组 基本用法: samtools view -c test.bam 筛选出比对失败的reads,看序列特征 基本用法: samtools view -f 4 test.bam|cut...
$ samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam (9)sam 和 bam 格式转换 #BAM转换为SAM $ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref...
1024: 代表这个序列是PCR重复序列(#这个标签不常用) 2048: 代表这个序列是补充的比对(#这个标签具体什么意思,没搞清楚,但是不常用) 比如我们可以通过samtools view中的-f参数,找到flag值包括2的比对结果 samtools view -f 2 -q 30 test.bamchr2:1-74455083 如果有未知含义的flag,可以通过samtools flags查询 samt...
samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -52.Sort对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam-@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名3.Merge当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行...
$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam 提取比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam ...
samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 ...
samtools view -q 20 input.bam > output.bam 根据比对上下游距离过滤BAM格式文件: samtools view -F 0x4 -f 0x2-b -o output.bam input.bam chr1:1000-2000 5.统计 统计BAM格式文件中每个染色体的序列覆盖度: samtools depth input.bam > output.txt ...
$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 $ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam ...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ(比对质量)大于等于该值的序列,上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外,通过 -f 和 -F 参数,我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于: -f :保留该flag值的序列(相当于 grep ) -F :保留除了该flag值以外的所有序列(...