samtools view -f 4 test.bam|cut -f10 |head -3 筛选出比对质量值大于30的情况 基本用法: samtools view -q 30 test.bam |awk '{print $1,$5}'|head -3 筛选出比对成功,但是并不是完全匹配的序列 基本用法: samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -5 2...
samtools view -b -f 2 your_file.bam > paired_reads.bam ● -f 2:只保留 FLAG 包含 0x2(properly paired)的 reads。 ● -b:输出 bam 格式。 如果你想排除未比对的 reads,可以使用 -F 参数来排除特定 FLAG 的 reads。例如,排除所有未比对的 reads: samtools view -b -F 4 your_file.bam > mapp...
samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部信息。 - `-f`:根据flag过滤reads,可以使用flag的数字值或者flag的符号表示,例如`-f 4`表示过滤掉flag为4的reads。 - `-F`:与`-f`相反,保留fla...
samtools view [options] in.sam|in.bam|in.cram [region...] -f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads -F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的reads,也就是说提取出mapping上的reads -u 输出格式为未压缩的bam格式 -q 过滤掉MAPQ值低某个阈值 ## -q 1 过滤掉MAPQ值低于1的情况 -h ...
samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 -m:每个线程运行内存大小(可使用K M G表示) -n:按照read名称进行排序
samtools view -f 4 -c bwa.bam ### 过滤所有含有4的比对,反向匹配 samtools view -F 4 bwa.bam ### -f -F参数的输出到新文件 samtools view -b -F 4 bwa.bam > bwa.aligned.bam samtools index bwa.aligned.bam BAMw文件概况统计 samtools flagstat bwa.bam ...
$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam 提取比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam ...
$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 $ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam ...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...
view samtools view [options] in.sam|in.bam|in.cram [region...] -f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads -F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的reads,也就是说提取出mapping上的reads -u 输出格式为未压缩的bam格式 -q 过滤掉MAPQ值低某个阈值 ## -q 1 过滤掉MAPQ值低于1的情况 ...