[root@PC1 002_result]#samtools view-bF4SRR21814498.sorted.bam >test.F4.bam ###提取比对到参考序列上的比对结果[root@PC1 002_result]#lsSRR21814498.sorted.bam SRR21814498.sorted.bam.baitest.F4.bam[root@PC1 002_result]#ll-htotal3.2G-rw-r--r--.1root root1.7G Jul620:47SRR21814498.sor...
@SQ SN:chr16 LN:90354753 M5:fc9b1a7b42b97a864f56b348b06095e6 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:chr17 LN:81195210 M5:351f64d4f4f9ddd45b35336ad97aa6de UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:chr18 LN:78077248 M5:b15d4b2d29dde9d3e4f93d1d0f2cbc9c ...
$ samtools flagstat H1650RNA_S12.hg19.bam 28400342 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) # -c 2924468 + 0 secondary # -c -f0x100 0 + 0 supplementary 0 + 0 duplicates 28188350 + 0 mapped (99.25%:-nan%) # -c -F4 25475874 + 0 paired in sequencing 12737937 + 0 read...
$ samtools view -f4 sample.bam > sample.unmapped.sam # 或者 $ samtools view sample.bam |perl -alne '{print if $F[2] eq "*" or $F[5] eq "*" }' > sample.unmapped.sam 虽然上面两个方法得到的结果是一模一样的,但是这个perl脚本运行速度远远比不上上面的samtools自带的参数。
#将sam文件转换成bam文件$ samtools view-bS a.sam>a.bam#提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view-bF4a.bam>a.F4.bam#提取paired reads中两条reads都比对到参考序列的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view-b-F12a.bam>a.F12.bam#提取没有比对到参考序列上的比对结果$...
samtools安装使用 samtools安装使⽤官⽹：s 安装：wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 cd samtools-1.9 ./configure make make install
使用samtools 1.10 发现不能生成vcf了 samtools mpileup image.png export PATH=/softwares/miniconda3/envs/mutation_detection/bin:$PATH ref=path/02.bwa/reference/xxxxx.fasta reads=xxx bed=chr6-12.bed for i in `ls path/04.bcftools_call/*bam ` ;do ...
Hello, I am reheading a large (180 GB) bam file and I would like to specify the correct SO tag in the head. The bam was produced as follows: samtools view -@4 -h -b -F4 parsed_aln0.bam >parsed_aln0_F4.bam samtools merge -@8 -tBX -b bams_list - | samtools sort -@8 -...
钢衬聚四氟乙烯管(GSF.F4) 衬塑三通 衬塑复合管 衬塑镀锌钢管 铭信管道 铭信品牌 沧州铭信管道有限公司 5年 查看详情 ￥42.00/米 河北衡水 玻璃钢缠绕通风管道地埋式污水排污管化工管道压力管电缆穿线管 益恩品牌 河北益恩环保设备有限公司 2年 查看详情 ￥140.00/米 内蒙古鄂尔多斯 承插式内外涂塑复合钢...
commit 79e52c9624b6dd3bdfdf439f4b4bc6f774c230a4 Author: Nils Homer <nils.homer@lifetech.com> Date: Thu Feb 16 10:29:32 2012 -0500 * adding support for outputting a circos histogram file in "samtools depth". Use the "-c/-B" options. commit 2daad7b52daa86561c0fb65fe366691...