[root@PC1 002_result]#samtools view-bF4SRR21814498.sorted.bam >test.F4.bam ###提取比对到参考序列上的比对结果[root@PC1 002_result]#lsSRR21814498.sorted.bam SRR21814498.sorted.bam.baitest.F4.bam[root@PC1 002_result]#ll-htotal3.2G-rw-r--r--.1root root1.7G Jul620:47SRR21814498.sor...
能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。包含有许多命令,我这里主要介绍几个: samtools官网:http://www.htslib.org/ 一、软件安装 使用conda安装 conda install ...
@SQ SN:chr16 LN:90354753 M5:fc9b1a7b42b97a864f56b348b06095e6 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:chr17 LN:81195210 M5:351f64d4f4f9ddd45b35336ad97aa6de UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:chr18 LN:78077248 M5:b15d4b2d29dde9d3e4f93d1d0f2cbc9c ...
$ samtools view -f4 sample.bam > sample.unmapped.sam # 或者 $ samtools view sample.bam |perl -alne '{print if $F[2] eq "*" or $F[5] eq "*" }' > sample.unmapped.sam 虽然上面两个方法得到的结果是一模一样的,但是这个perl脚本运行速度远远比不上上面的samtools自带的参数。
#将sam文件转换成bam文件$ samtools view-bS a.sam>a.bam#提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view-bF4a.bam>a.F4.bam#提取paired reads中两条reads都比对到参考序列的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view-b-F12a.bam>a.F12.bam#提取没有比对到参考序列上的比对结果$...
samtools flagstat中几个指标的计算方法 $ samtools flagstat H1650RNA_S12.hg19.bam 28400342 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) # -c 2924468 + 0 secondary # -c -f0x100 0 + 0 supplementary 0 + 0 duplicates 28188350 + 0 mapped (99.25%:-nan%) # -c -F4 ...
例子如下: cd ~/biosoft mkdir samtools && cd samtools wget https://github.com/samtools/samtools/releases/...download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2 cd samtools-1.3.1 ...samtools view -h -F4 -q 5 read.sorted.bam |samtools view -bS|samtools rmdup - read...
container : [withLabel:isoforms:ontresearch/wf-transcriptomes:shae7c9f184996a384e99be68e790f0612f0c732867, withLabel:wf_common:ontresearch/wf-common:sha0a6dc21fac17291f4acb2e0f67bcdec7bf63e6b7] launchDir : /work/epi2me workDir : /work/epi2me/work projectDir : /home/caitken/.nextflow/as...
samtools安装使用 samtools安装使⽤官⽹：s 安装：wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 cd samtools-1.9 ./configure make make install
hard_clipped.expected.sam /usr/share/samtools/test/ampliconclip/1_original_tag.expected.sam /usr/share/samtools/test/ampliconclip/1_soft_clipped.expected.sam /usr/share/samtools/test/ampliconclip/1_soft_clipped_strand.expected.sam /usr/share/samtools/test/ampliconclip/1_test_data.sam /usr/share...