samtools fixmate -O bam,level=1 -m CE.sam fixmate.bam 1.1.4 sort to positinal order 可以根据基因组的染色体位置来对BAM进行排序: samtools sort -l 1 -@8 -o pos.srt.bam -T /tmp/example_prefix fixmate.bam -@8用于开启并行计算,samtools sort中的-m用于提供更多的内存以加快计算速度(每个线...
1.1.2 Fixing of mate-pair issues 矫正比对时引入的缺陷,保证SAM FLAG, RNEXT, PNEXT and TLEN fields一致,老版本可能需要-S来指定SAM文件,而新版版的软件无需: samtools fixmate -O bam,level=1 CE.sam fixmate.bam -O bam,level=1会压缩bam文件,你也可以通过level=0 (或 -u)来取消压缩输出的bam文...
#添加mate score(MS)标记 $samtools fixmate -m sample.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #对染色体名称进行排序 $samtools sort -t rname -o sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #去除pcr重复 $samtools markdup -r sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.markdup.bqsr.bam ...
faidx 创建索引、提取序列，创建索引文件如hg19.fa.fai，可使用此索引文件提取特定序列。fqidxindex 各种工具都需要BAM索引文件，如IGV，用于可视化BAM文件，生成.bai文件以进行BAM文件索引。编辑calmd 将SEQ的序列品牌改为=，进行序列编辑。fixmate 去除PCR重复时，使用fixmate添加mate score标签，需注意bam...
15、 this sample or group ./samtools index usage: samtools index out.index ./samtools idxstats usage: samtools idxstats ./samtools fixmate usage: samtools fixmate options: -r remove unmapped reads and secondary alignments ./samtools flagstat usage: samtools flagstat ./samtools calmd usage: samtool...
9)samtools fixmate <in.nameSrt.bam> <out.bam>,为以名称排序的定位alignment填入配对坐标,ISIZE(inferred insert size猜测的插入序列大小)和配对相应的标签(flag) 10)samtools rmdup <out.bam>,移除潜在的PCR重复:如果多个读段含有相同的外部位点(external coordinates),只保留那些高mapping质量的碱基对。这一...
fixmate fix mate information reheader replace BAM header rmdup remove PCR duplicates targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) addreplacerg adds or replaces RG tags markdup mark duplicates 通过新建一个conda虚拟环境,然后在环境中安装重测序分析所用的软件,能够避免软件的冲突造成的问题,而且方...
然后:samtools fixmate -m xxx.sortname.bam xxx.fixmate.bam 按position排序:samtools sort xxx.fixmate.bam -o xxx.sortposition.bam 最后:samtools markdup -r xxx.sortposition.bam xxx.markdup.bam(-r: 除去重复reads) (5) 合并 samtools merge [options] -o <out.bam> [options] <in1.bam> ......
fixmate fix mate information reheader replace BAM header rmdup remove PCR duplicates targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) addreplacerg adds or replaces RG tags -- File operations collate shuffle and group alignments by name ...
samtools fixmate [-rpc] [-Oformat]in.nameSrt.bam out.bam 从一个按照名字排序后的比对文件中,添加mate的坐标, ISIZE ,和mate相关的flag。 OPTIONS: -r 删除次要的和没有比对上的reads。 -p 不使用 FR 匹配检查。 -c 添加模板 cigar ct 标签。