samtools fixmate -O bam,level=1 -m CE.sam fixmate.bam 1.1.4 sort to positinal order 可以根据基因组的染色体位置来对BAM进行排序: samtools sort -l 1 -@8 -o pos.srt.bam -T /tmp/example_prefix fixmate.bam -@8用于开启并行计算,samtools sort中的-m用于提供更多的内存以加快计算速度(每个线...
1.1.2 Fixing of mate-pair issues 矫正比对时引入的缺陷,保证SAM FLAG, RNEXT, PNEXT and TLEN fields一致,老版本可能需要-S来指定SAM文件,而新版版的软件无需: samtools fixmate -O bam,level=1 CE.sam fixmate.bam -O bam,level=1会压缩bam文件,你也可以通过level=0 (或 -u)来取消压缩输出的bam文...
fixmate fix mate information reheader replace BAM header rmdup remove PCR duplicates targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) addreplacerg adds or replaces RG tags markdup mark duplicates 通过新建一个conda虚拟环境,然后在环境中安装重测序分析所用的软件,能够避免软件的冲突造成的问题,而且方...
$samtools fixmate -m sample.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #对染色体名称进行排序 $samtools sort -t rname -o sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #去除pcr重复 $samtools markdup -r sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.markdup.bqsr.bam # 比较一下去重前和去重后...
第1列:read的名称(read表示本条read,mate表示pair中的另一条read)。 第2列:flag数字之和。(见下文) 第3列:比对到参考序列上的染色体号。若无法比对则是*。 第4列:read比对到参考序列上第一个碱基所在的位置。若无法比对则是0。 第5列:比对的质量分数,比对错误率的-10log10值,越高说明该read比对到参考基...
运行fixmate命令 samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam # 第三步...,按照coordinate排序bam文件 samtools sort -o positionsort.bam fixmate.bam #第四步,运行markdup命令 samtools markdup...positionsort.bam markdup.bam 虽然samtools处理bam文件的速度很快,但是经过这一系列的排序操作之后,整个duplicate...
--combined: 输出所有样本的组合统计。通常用于比较多个样本的覆盖深度 -a, --annotate: 添加额外的列来标记是否满足给定的标准,而不是跳过不满足条件的记录 -m, --fix-mate-overlaps: 检测配对读取的重叠部分,并在每个碱基的基础上处理它们;这有助于更准确地计算覆盖度 ...
--combined: 输出所有样本的组合统计。通常用于比较多个样本的覆盖深度 -a, --annotate: 添加额外的列来标记是否满足给定的标准,而不是跳过不满足条件的记录 -m, --fix-mate-overlaps: 检测配对读取的重叠部分,并在每个碱基的基础上处理它们;这有助于更准确地计算覆盖度 ...
[options] Commands: -- Indexing dict create a sequence dictionary file faidx index/extract FASTA fqidx index/extract FASTQ index index alignment -- Editing calmd recalculate MD/NM tags and '=' bases fixmate fix mate information reheader replace BAM header targetcut cut fosmid regions (for ...
fixmate fix mate information reheader replace BAM header targetcut cut fosmid regions (forfosmid poolonly) addreplacerg addsorreplaces RG tags markdup mark duplicates-- File operationscollateshuffleandgroupalignmentsbyname cat concatenate BAMsmergemergesorted alignments ...