第4列LINEBASES,除了最后一行以外,其他代表序列的碱基数,单位为bp; 第5列行宽(LINEWIDTH),除了最后一行以外,其他代表序列的长度,包括换行符。注:windows系统中换行符为\r\n,要在序列长度的基础上加2。 于是通过此文件,可以定位子序列在fasta文件在磁盘上的存放位置,直接快速调出子序列。 由于有索引文件,可以使用...
在sam文件的第五列是MAPQ值,对某些软件,比如BWA,直接通过它就可以区分unique mapping和mutiple mapping的情况,就是判断这条reads是否只比对到参考基因组的唯一的位点。所以对于这种情况下的sam文件,提取unique mapping非常简单,用samtools view -q 1 (过滤掉MAPQ值低于1的情况) ...
1:从bam中过滤掉没有比对上的信息,并将比对上的部分保存到sam中 2:从bam中过滤没有比对上的信息,并保存到bam中:(要加-h,表示输出header) 注意:虽然有些没有比对上的结果 的flag值是141,77等,但是都可以用4过滤掉。 3:提取为fastq:主要参数为-f,-F,-G三个。 提取没有比对上的信息到fastq用: 提...
$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam 提取bam文件中比对...
$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果,包含标签 $ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam ...
-F:获得比对上(mapped)的过滤设置[默认0] -f:获得未必对上(unmapped)的过滤设置[默认0] -T:使用fasta格式的参考序列 …… 实例演示: bam文件转换为sam文件 samtools view -h smallNA06985 > test.sam sam文件转换为bam文件 samtools view -bS -1 test.sam > test.bam ...
提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 ...
TLEN: 插入片段的长度,可根据POS和CIGAR信息得出 Column 10/11 SEQ 和 QUAL:query的序列以及fastq序列所对应的质量值 Column 12 and on 此列开始,不同测比对软件产出的数据会产生一定的差异。基本格式为TAG:TYPE:VALUE SAM/BAM file Manipulation Select or Filter data from BAM files ...
# -O 输出文件 -V输入变异文件 --filter-expression 过滤条件 --filter-name 被过滤掉的SNP不会删除,而是给一个标签,例如 "LowCoverage" 。 这里可以将过滤条件合并,仅给出一个标签。--cluster-window-size 以10个碱基为一个窗口 这里通过设定相应的参数值进行了硬过滤,实际应用时还要根据数据类型及自己的需求...
pps. 用到基因组联配的软件建立 index 很常见，我一开始也没注意，知道我建立小麦基因组index 的时候...