view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
samtools tview A1.sorted.bam samtools tview A1.sorted.bam ref.fna 案例八:depth samtools depth A1.sorted.bam >A1.depth 案例九:flagstat samtools flagstat A1.sorted.bam 案例十: samtools idxstats A1.sorted.bam 案例十一:提取固定模式reads #提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -F...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。将sam文件转为bam文件(没有header的sam文件不能转换成bam文件) 基本使用方法: samtools view -S test.sam -b > test.bam 将bam文件转为sam文件基本用法: samtools view -h -o test.sam test.bam -b 默认下输出是 SAM 格...
索引:samtools index SRR3589912_sorted.bam 从上述可以看出了,比对后的sam文件应该先进行格式的转换,接着是排序,最后根据排序的文件建立索引文件。 4.samtools的排序方式有两种(常用) 默认方式,按照染色体的位置进行排序 samtools sort test.bam default 参数-n则是根据read名进行排序。 samtools sort -n test.bam...
-T, --reference FILE Reference sequence FASTA FILE [null] Example :samtools view -bS test.sam > test.bam 重要参数解读: -b:输出bam格式 -C:输出CRAM文件 -1:快速压缩(需要-b) -u:输出未压缩的bam文件,节约时间,占据较多磁盘空间(需要-b) ...
samtools tview sorted.bam path/to/reference.fasta: 进入交互界面 交互界面 交互界面操作: g: 出现序列位置跳转窗口,输出染色体名 : 碱基位置数来查看该位置的序列;按任意方向键退出此窗口 序列位置跳转窗口 移动界面:H(左),J(上),K(下),L(右),Space(快速向右),Backspace(快速向右),Ctrl+H(向左1kb),Ct...
-T FLOAT MAQ一致性检测模式的theta参数[0.85](错误依赖系数) -N INT样本中的单倍型数量[默认2,要求>=2] -r FLOAT 每一对单倍体之间期望的片段差异值[0.001] -I(i) INT 序列中插入缺失的Phred概率[40] 8)samtools tview <in.sorted.bam> [ref.fasta],文本定位查看器,在查看器中,使用?取得帮助,按下...
samtools tview -p B05:53425172 accepted_hits.bam Bju.genome.fa DNA重测序比对结果: 结果说明: “.” 比对到正链; “,” 表示比对到负链; “<”或“>” 表示reference skip RNA-seq当中内含子剪切; "ATCGN" 表示正向mismatch; "atcgn" 表示反向mismatch; ...
统计功能（Statistics）涉及对BAM文件进行深度统计，例如计算每个位置的测序覆盖深度。bcftools可以处理bcf格式文件，提供SNP和indel的检测和统计功能。最后，Samtools的命令包括samtools view（查看）、tview（查看特定类型）、sort（排序）、index（建立索引）、flagstat（统计flag信息）等，使用时可根据需要选择。