samtools view -h -o test.sam test.bam -b 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-S 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。-o 输出文件名 提取比对到参考序列上的比对结果F 基本用法: samtools view -bF 4 test.bam >test.F.bam -F 数字4代...
bwa比对的MAPQ值0代表未多次比对 q参数表示保留比对质量值大于等于此q值 samtools view -c -q 1 bwa.bam ###比对质量大于1,且比对到正链上 samtools view -q 1 -F 4 -F 16 -c bwa.bam Secondary alignment 二次比对:序列是多次比对,其中一个最好的比对为PRIMARY align,其余的都是二次比对,FLAG值256 s...
samtools view-bF12test.bam>test.12.bam ## 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可,但其实我们双端测序的数据是需要取PEmap到同一个fragment的reads samtools view-bf2test.bam>test.f2.bam 单端测序筛掉低质量的数据 samtools view-bF4abc.bam>abc...
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] $ samtools mpileup -f genome...
- `-q`:根据mapping quality过滤reads,只保留mapping quality大于等于指定值的reads。 - `-r`:根据read name过滤reads,只保留与指定readname匹配的reads。 - `-R`:与`-r`相反,过滤掉与指定read name匹配的reads。 - `-L`:根据区域过滤reads,只保留与指定区域重叠的reads。 - `-o`:指定输出文件的路径。
output-vcf --strand-filter 0 samtools mpileup -f ref.fa test.sort.dup.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2indel --output-vcf --strand-filter 0 samtools mpileup -q20 -d8000 -f ref.fa test.sorted.dup.bam | java -jar VarScan.v2.3.9.jar mpileup2cns --variants --output-vcf > out...
samtools view -q 20 input.bam > output.bam 根据比对上下游距离过滤BAM格式文件: samtools view -F 0x4 -f 0x2-b -o output.bam input.bam chr1:1000-2000 5.统计 统计BAM格式文件中每个染色体的序列覆盖度: samtools depth input.bam > output.txt ...
samtools view -@ 4 -F 0x04 -q 10 input.sam > output.bam samtools sort output.bam -o output_sorted.bam samtools index output_sorted.bam 这里的命令解释为：将`input.sam`转换成`output.bam`，过滤掉不合格的reads（FLAG为0x04）并保留MAPQ大于等于10的reads，然后对`output.bam`进行排序...
操作步骤：1. samtools包括samtools、BCFtools和HTSlib三个主要部分。2. 安装samtools。3. 转换sam文件。4. 提取比对到参考序列上的结果。5. 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果。6. 提取没有比对到参考序列上的比对结果。7. 从bam文件中提取比对到scaffold1上的比对结果，并保存...