$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam 提取bam文件中比对...
最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下 Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] $ samtools mpileup -f genome...
1024: 代表这个序列是PCR重复序列(#这个标签不常用) 2048: 代表这个序列是补充的比对(#这个标签具体什么意思,没搞清楚,但是不常用) 比如我们可以通过samtools view中的-f参数,找到flag值包括2的比对结果 samtools view -f 2 -q 30 test.bamchr2:1-74455083 如果有未知含义的flag,可以通过samtools flags查询 samt...
samtools view -h -o test.sam test.bam -b 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-S 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。-o 输出文件名 提取比对到参考序列上的比对结果F 基本用法: samtools view -bF 4 test.bam >test.F.bam -F 数字4代...
samtools view -f 4 -c bwa.bam ### 过滤所有含有4的比对,反向匹配 samtools view -F 4 bwa.bam ### -f -F参数的输出到新文件 samtools view -b -F 4 bwa.bam > bwa.aligned.bam samtools index bwa.aligned.bam BAMw文件概况统计 samtools flagstat bwa.bam ...
samtools mpileup test.sort.dup.bam -o test.sort.dup.bcf # bcftools bcftools call -Ovm -o out.vcf test.sort.dup.bcf # samtools+ VarScan samtools mpileup -f ref.fa test.sort.dup.bam | java -jar VarScan.jar mpileup2snp --output-vcf --strand-filter 0 samtools mpileup -f ref.fa test...
它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部信息。 - `-f`:根据flag过滤reads,可以使用flag的数字值或者...
如果你想排除未比对的 reads，可以使用 -F 参数来排除特定 FLAG 的 reads。例如，排除所有未比对的 ...
-c -F260=-c -F772 # 0x4 + 0x100 + 0x200 -c -F268=-c -F780 # 0x4 + 0x8 + 0x100 + 0x200 ___ samtools flagstat中几个指标的计算方法 $ samtools flagstat H1650RNA_S12.hg19.bam 28400342 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) # -c 2924468 + 0 secondary # -c ...
如果想得到mpileup格式的数据,就只能用-f参数。 bcftools doesn't work on pileup format data. It works on bcf/vcf files. samtools provides a script called sam2vcf.pl, which works on the output of "samtools pileup". However, this command is deserted in newer versions. The output of "samtool...