$ samtools view celegans.sam | tr '\t' '\n' | head -n 11 依次对应QNAME、FLAG、RNAME、POS、MAPQ、CIGAR、RNEXT/PNEXT、TLEN、SEQ、QUAL(详细信参阅《Bioinformatics Data Skills》第390页) 使用samtools的-b参数完成sam->bam格式转换(sam:纯文本,可读性好;bam:二进制文件,后续处理效率更高) $ sam...
$samtools view -@ 8 -bh -q 30 test.bam -o test.q30.bam -q参数只输出MAPQ(比对质量)大于等于该值的序列,上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 根据FLAG过滤 另外,通过-f和-F参数,我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于: -f:保留该flag值的序列(相当于grep) -F:保留除了该flag值以外的所有序列(...
samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 -m:每个线程运行内存大小(可使用K M G表示) -n:按照read名称进行排序 -o:排序后的输出文件 -T:PREFIX临时文件前缀 -@:设置排序和...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage:samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam $ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam 提取比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc....
samtools view -bS abc.sam > abc.bam # BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 ...
var.vcf 可以使用-f参数只输出未能比对上的reads。samtools view -f 4 sorted.bam > unmapped.bam ...
# 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view-bF12abc.bam>abc.F12.bam # 提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view-bf4abc.bam>abc.f.bam # 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options]|[region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...