samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 -m:每个线程运行内存大小(可使用K M G表示) -n:按照read名称进行排序 -o:排序后的输出文件 -T:PREFIX临时文件前缀 -@:设置排序和...
samtools view 提取比对结果相关参数samtools view [options] in.sam|in.bam|in.cram [region...] -f 提取 ## -f 4 提取出没有mapping上的reads -F 过滤 ## -F 4 过滤掉没有mapping上的reads,也就是说提取出mapping上的reads -u 输出格式为未压缩的bam格式 -q 过滤掉MAPQ值低某个阈值 ## -q 1 ...
$ samtools view celegans.sam | tr '\t' '\n' | head -n 11 依次对应QNAME、FLAG、RNAME、POS、MAPQ、CIGAR、RNEXT/PNEXT、TLEN、SEQ、QUAL(详细信参阅《Bioinformatics Data Skills》第390页) 使用samtools的-b参数完成sam->bam格式转换(sam:纯文本,可读性好;bam:二进制文件,后续处理效率更高) $ sam...
$samtools view -@ 8 -bh -q 30 test.bam -o test.q30.bam -q参数只输出MAPQ(比对质量)大于等于该值的序列,上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 根据FLAG过滤 另外,通过-f和-F参数,我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于: -f:保留该flag值的序列(相当于grep) -F:保留除了该flag值以外的所有序列(...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...
samtools mpileup -d 1000 -gSDf ../../../ref-database/hg19.fa tmp1.sorted.bam |bcftools view -cvNg – >tmp1.vcf 因为这个软件都是与bwa和bowtie等能产生sam文件的软件合作才能使用。 其中这个软件参数还是蛮多的,但是常用的就那么几个,网上也很容易找到教程 ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
var.vcf 可以使用-f参数只输出未能比对上的reads。samtools view -f 4 sorted.bam > unmapped.bam ...
ppps. 学一个单词 scratch file 临时文件 最后，你想要的解释、用法、实例，都可以用一个程序界有一句...
samtools view -h -q 1 -F 4 -F 256 big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - > big.sort.dedup.unique.bam 其中参数: -q 1:过滤掉比对质量小于1的reads; -F 4:过滤掉没有比对上的reads; -F 256:过滤掉比对上的多次的reads。